1、在司法实践中，商业秘密的损失计算大致分为以下几种：

（1）以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据；

（2）商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。

2、以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额；这种损失的计算以侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知为前提。对于非法将商业秘密出卖给他人的，以其非法出卖收入为损失额；违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其因此获得或增加的利润为损失额。如果侵权人的行为属于间接使用(如利用跳槽员工带来的原单位的技术信息和经营信息等)，以其产生的效益为损失及赔偿额；

3、以不低于商业秘密使用许可的合理使用费为损失及赔偿额。

4、法律依据：《中华人民共和国刑法》

第二百一十九条

【侵犯商业秘密罪】有下列侵犯商业秘密行为之一，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：

(一)以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；

(二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；

(三)违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。

明知前款所列行为，获取、披露、使用或者允许他人使用该商业秘密的，以侵犯商业秘密论。

本条所称权利人，是指商业秘密的所有人和经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人。

一、商业秘密侵权案件可否提起刑事附带民事诉讼

1、“因人身权利受到犯罪侵犯而遭受物质损失或者财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的，可以提起附带民事诉讼”。可见，并非所有的侵权行为都可以提起刑事附带民事诉讼，只有因人身权利遭受侵犯以及因财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的案件，才能提起刑事附带民事诉讼，在请求法院对犯罪嫌疑人的犯罪行为予以认定的同时，到达获得民事赔偿的目的；

2、商业秘密一旦被泄露，权利人的损失往往是无法弥补的。在刑事审判中普遍认为这种损失应当指实际损失，而实际损失既包括直接损失和权利人必然失去的现实利益。而且侵犯商业秘密给权利人造成的损失不能仅仅以数额为标准，应当在重点考虑研制开发成本、利用周期、成熟程度、市场前景等直接因素的基础上，综合考虑各种相关因素，如竞争优势地位的丧失、商业信誉的下降等。