一、劳动关系中发现合同纠纷怎么处理？

可以自行协商，协商无效的可以准备以下材料申请劳动仲裁：

1、劳动仲裁申请书（详细陈述申请事项事实理由，一式两份或按被申请人人数提供；

2、申请人身份证明及复印件；

3、有委托代理人的，需当面签定并提交《授权委托书》，注明委托事项，同时提交受委托代理人的身份证复印件。如委托人的代理人是律师事务所派出的执业律师；应提供执业律师的证件复印件：如委托人的代理人是公民，应提供与委托人签订的不收费代理协议书，以及代理人和委托人之间的关系的法律资料；

4、被申请人工商注册信息资料；

5、申请人与被申请人存在劳动关系的证明材料；（证明材料包括：劳动合同、暂住证、工作证、厂牌、工卡、工资表（单）、入职登记表、押金收据；以及被处罚凭证和被开除、除名、辞退、解除（或终止）劳动关系通知或证书等。申请人提交证明材料时，应附原件及复印件各一份，审核后退回原件；

6、《提交证据材料清单》一式两份。

二、劳动合同纠纷的仲裁申请书应载明哪些内容？

（一）劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；

（二）仲裁请求和所根据的事实、理由；

（三）证据和证据来源、证人姓名和住所。

三、劳动合同纠纷的仲裁流程有哪些？

1、提交申请书。

当事人申请仲裁，应当提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本。

2、仲裁受理。

仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。仲裁委员会决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。决定不予受理的，应当说明理由。

3、开庭审理。

仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决。

4、仲裁调解。

仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力；调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决。

5、仲裁裁决。

仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。仲裁庭裁决后应当制作仲裁书送达双方当事人。当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉；期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。