是否扣除全勤奖金或其他金额，需根据公司内部规章制度进行，并且该制度应该由员工确认过。因为员工的过错，造成公司损失，如果公司制定了相应的奖惩制度，并且员工已经知晓确认，那么公司可以根据公司制度进行处罚，但是公司支付给员工当月的工资不能低于当地的最低工资标准。

一、员工无故旷工怎么处理

企业除名的理由是严重违反用人单位的规章制度，缺以下的任何一条属违法解除：

（一）企业的规章制度是否经过职代会或职工代表大会通过的

（二）规章制度公示了吗

（三）除名通知工会了吗

（四）进行批评教育，这一条企业已经做到了

（五）企业的规章制度不符合法律法规的规定，属无效条款。

因为《企业职工奖惩条例》第十八条规定：职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效，连续旷工时间超过十五天，或者一年内累计旷工时间超过三十天的，企业有权予以除名。从这一规定来看，企业对职工的除名处理，必须符合以上两个条件：

《工会法》第二十一条规定：企业，事业单位处分职工，工会认为不适当的，有权提出意见。企业单方面解除职工劳动合同时，应当先通知工会，工会认为企业违反法律，法规和有关合同，要求重新研究处理时，企业应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。职工认为企业侵犯其劳动权益而申请劳动争议仲裁或者向人民法院提起诉讼的，工会应当给予支持和帮助。由此可见，在对旷工职工作除名处理时，应当征求企业工会的意见。根据国家劳动法律法规的规定，企业对职工作出开除处分的过程中应遵循下列程序：

（一）弄清事实，取得证据。企业对职工所犯错误的事实应进行深入细致的调查取证，并且对所取得的证据要严格审核，以保证确凿无误，结论材料应与本人见面，允许其申辩，如确属于事实不符，应当纠正。

（二）经厂长或经理依据职工的错误事实提出开除处理的意见。

（三）职工代表大会或职工大会讨论决定。

（四）将开除处分决定报告企业的主管部门和企业所在地的劳动部门备案。

（五）将开除处分决定书面通知本人，并记入本人档案。

二、超过半小时算旷工吗

《劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

现在很多用人单位在制订规章制度时已经注意到了合法性的要求，包括程序合法与实体合法，但仍容易忽略制订规章制度的合理性要求。而仲裁机构在审理案件中涉及规章制度时，是有权且有必要审查规章制度的合理性的。

公司在制订规章制度时保证了合法性，却忽略了合理性。其规章制度部分条款的不合理性，主要表现在放大了劳动者的违纪情节。劳动者迟到或早退30分钟，即使认定其构成旷工，也只能认定为旷工30分钟，而不能直接放大认定为旷工半天。这种用放大镜看待劳动者违纪情节的行为，明显扩大了劳动者的违纪结果、加重了劳动者的违纪责任。