非法行医罪应当由人民法院认定。【相关法律】《刑事诉讼法》第一百九十五条在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：

（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；

（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；

（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。相关知识：非法行医罪加重情节如何认定

（一）非法行医罪加重情节认定中的突出问题第一，缺少医疗事故技术鉴定。首先，司法实践中发生的非法行医案件基本上都是被害人死亡的案件，公安机关将案件立为刑事案件查处，就按照刑事案件的办案程序进行法医鉴定而不会进行医疗事故鉴定。其次，被害人亲属基于对卫生系统出具的医疗事故鉴定的不信任也不会申请医疗事故鉴定。再次，司法实践中存在办案误区，认为只有构成医疗事故罪才需作医疗事故鉴定，而非法行医罪不需作医疗事故鉴定。这些都是非法行医案件医疗事故鉴定意见缺失的原因。第二，无法认定非法行医行为与加重结果之间的因果关系。司法实践中，由于缺少医疗事故鉴定，非法行医案件往往依靠法医鉴定意见来认定非法行医行为和加重结果之间的因果关系。鉴于法医鉴定人员医疗知识的局限性，法医鉴定意见往往只能对死亡的原因作出结论，它无法评判非法行医行为在诊治患者过程中是否存在用药、操作规程等方面的非法性，而这恰恰是评判非法行医行为和加重结果之间因果关系的关键。由于无法认定非法行医行为和加重结果之间的因果关系往往导致非法行医案件处刑偏轻。

（二）非法行医加重情节认定中的三个要点第一，对于造成被害人身体健康严重受损或死亡的非法行医案件，应当由医疗事故技术鉴定委员会作出医疗事故技术鉴定。根据《医疗事故技术鉴定暂行办法》第三十六条规定，参与鉴定的专家应对医疗过失行为在损害后果中的作用、患者自身状况等作出分析。因此，医疗事故技术鉴定不仅能反映出被害人身体健康受损的程度、死亡的原因，还能明确行为人的非法行医行为在诊疗、用药过程中是否违背了操作规程，是否和损害后果之间存在因果关系。第二，必须有法医鉴定意见印证医疗事故技术鉴定。法医鉴定意见虽然在认定危害行为和危害结果之间的因果关系中存在局限，但法医鉴定意见能够确定死亡的原因，并能确定引起死亡的外在的物质力量。同时，由于其是由承担保护被害人生命、健康安全职责的公安机关作出的，相对于由医疗系统内部出具的医疗事故技术鉴定，其结论更公平、客观和公正，在被害人及其亲属中具有较高的公信力。当法医鉴定意见和医疗事故技术鉴定相互印证时，更有助于正确认定非法行医罪。第三，正确把握多种原因导致加重结果出现时的因果关系。由于医疗是具有高风险的专业行为，同时由于人类认识的局限性，不能避免各种不可预知的医疗意外，加上患者自身体质的差异以及患者自身或家属延误救治等等因素，加重结果的出现往往不是单纯的一个原因引起的。只有当非法行医行为与加重结果之间存在有刑法上的因果关系时，行为人才对加重结果承担责任。