约束对象不同

公司章程除了对公司股东具有约束力，对公司、董事、监事、高管均具有约束力，而股东协议仅对签协议的股东具有约束力。

制定和修改的方式不同

公司章程的制定和修改依据“多数决”原则进行，一般无需全体股东一致同意，但股东协议的制定和修改需要取得签署协议股东的一致同意。

对公司的重要程度不同

公司章程是公司设立存续必备的法律文件，是公司制定其他规章制度的基本法，而股东协议不是公司设立存续的必备法律文件(以有限责任公司形式存在的外商投资企业的股东设立协议除外)。

公开程度不同

公司章程具有公开性，公司股东及其他利益相关者可以依法查阅公司章程，而股东协议则没有向协议人以外的人公开的义务，有些股东协议还会约定保密义务。

一、有限责任公司股东的主要权利有哪些

有限责任公司股东的主要权利如下：

1、自益权，是指股东基于自己的出资而享有利益的权利；

2、共益权，是指股东基于自己的出资享有的参与公司经营管理的权利，如表决权、监督权、要求召开股东大会的权利、查阅会计表册权等；

3、参与公司章程的制定和修改；

4、参加股东会议并按照出资比例行使表决权；

5、选举和被选为董事、监事；

6、查阅股东会议记录和公司财务会计报告；

7、依照《中华人民共和国公司法》及公司章程的规定转让出资；

8、优先购买其他股东转让的出资；

9、优先认购公司新资本；

10、监督公司的生产经营活动；

11、按出资比例分配红利；

12、依法分配公司破产、解散和清算后的剩余资产；

13、公司章程规定的其他权利。

股东权利泛指公司给予股东的各种权益或者所有的权利，具体的是指股东基于股东资格而享有的从公司获取经济利益并参与公司管理的权利。

二、公司法人如何保护自己的合法权益

公司法人可以通过以下方式来有效保护自己：1、在股东协议或者公司章程中增加相关免责条款。2、在公司经营中，公司法人要严格按照法律法规和公司章程的规定从事相关的经营活动。3、对于可能违反法律法规或者公司章程的行为，公司法人应该明确地拒绝并在相关工作记录中予以记载。