在公司股权转让协议纠纷中，如果双方当事人事先已经约定好管辖人民法院且约定有效的，那么可以适用其约定。双方当事人没有约定或约定不明确的，那么可以使用法律规定，也就是会让被告住所地或合同履行地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。

公司股权纠纷适用于什么法律？

公司股权纠纷适用于《民法典》和《公司法》。

（一）因股权转让合同纠纷而提起的诉讼，此类诉讼又包括：

1、股权转让合同的违约之诉，主要是转受让双方当事人就股权转让合同所约定的义务之履行和权利之实现而发生的争执；

2、股权转让合同的无效和撤销之诉，主要是公司或公司其他股东就股权转让合同违法、违反《公司章程》或损害公司或其他股东利益而提起的诉讼；

3、股权转让合同生效后，因办理股权工商变更登记而产生的纠纷。

（二）因假冒公司股东签名非法转受让公司股权而引发的诉讼，主要指公司股东签名被他人冒用，导致其股权被转让并丧失股东身份的诉讼。

（三）因公司增资扩股而引发的诉讼，主要包括公司为引进外部资金，控制公司的股东或公司管理人员以公司名义，与公司部分股东或公司股东外第三人签署出资或投资协议，以改变公司股权结构的行为。表面上看，此类行为虽不直接发生股权转让，但是增资扩股往往会导致公司其他股东权益被稀释，公司控制权发生转移的结果，这在许多地方等同于公司股东权益被转让，所以，我们在此将其列入公司股权转让纠纷的一种特殊表现形式。

（四）因工商行政管理部门实施了对公司股权进行错误登记或应当进行工商变更登记而不予登记或擅自将公司股东权益进行变更登记等行为而引发的诉讼。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十一条对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。