保护改制企业小股东合法权益的方法如下：

1、在相关法律的强制性规定下，可以在章程中制定更严格的规定，以限制大股东的行为；

2、公司法章程规定的股东权利义务等相对简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性；

3、建立公司财务、政务公开制度；

4、赋予普通股东更多的知情权和调查权。

根据相关法律规定，一人有限责任公司章程由股东制定。对公司董事、经理违反此规定的，可以采取相应的处罚措施。

关于企业中小股东合法权益的保护

案情：

1996年，王某与刘某及其他三人共同出资成立了一个有限责任公司，注册资金为30万元，公司成立后，刘某担任公司的董事长，王某作为股东积极参与公司的各项设计与谈判工作，经过几年的努力，公司开始营利。

但到2000年时，公司突然新吸收了一名新的股东，而作为出资3万元的股东王某对此事却一直不知情，而且该名新股东进入公司以来，王某即被剥夺了作了股东的各项权利，依照公司章程本应享有的按时查阅公司财务帐册的权利也没有了，而且还发现了公司的股东会议决议有人假冒王某的签名，公司还私刻了工商局的印章，从而制作了假的公司章程，上欺工商局，下瞒股东。所有上述事实，已明显表明公司对作为股东的王某的合法权益进行了严重的侵犯，其合法利益受到巨大损失。

分析：

原告为了维护其在公司中的合法权益，将公司及作为公司董事长的刘某诉至法院，要求公司及其董事长对其侵权行为承担相应的赔偿责任，然而到目前为止，已经遇到了重重障碍。原告的合法权益竞然因为法律规定的不完备而难以得到维护。

首先，公司法对于公司侵犯股东合法权益应承担什么样的责任规定得并不明确，而且如何确定赔偿数额也不明确。从而导致了有相当一部分审判人员及法律界人士认为公司可能确实侵犯了股东的合法权益，但由于没有给股东造成实际的损失所以不能进行赔偿。

然而我们认为上述观点是值得商榷的：首先，我国的公司法确实在公司侵犯股东权益方面的法律规定得十分有限，到目前为止只在《公司法》第一百二十三条规定了董事、经理应当当遵守公司章程，忠实履行职务，维护公司利益，不得利用在公司的地位职权为自己谋取私利。同时在《公司法》第一百一十一条规定：股东大会、董事会的决议违反法律、行政法规，侵犯股东合法权益的，股东有权向人民法院提起要求停止该违法行为和侵害行为的诉讼。

上述这两条规定只是明确了股东的合法权益受到侵犯时可以通过诉讼维护其权益，而且该法第六十三条规定：董事、监事、经理执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损害的，应当承担赔偿责任。这些规定均表明，公司对股东的侵权可以诉讼，而且也可以要求赔偿。但是到了实际案件中，这些规定却不是切实可行的。如何赔偿成了这类案件最难以解决的问题。

那么，公司侵犯股东权益是否真的没有一点损失呢我们认为并非如此，就本案而言，王某当时之所以向公司投入资金，就是希望通过自己的投资而获得更多的收益，也就是说她是基于对公司其他股东的信任和对公司未来利益的期待而采取的投资行动，但是当其把金钱和精力投入到公司以后，不仅在几年以来没能得到一分钱的公司红利，最基本的股东权利没能享有。

这些现实情况已经严重悖离了当时投资的初衷，公司股东会对他权利的侵害造成了她的投资款无法收回，而且也没有办法了解公司的获利情况，这无疑对王某的投资行为造成了一种实际的损失和可得利益的损失。这种损失出现并不是投资中的经营风险所致，我们通常所说的经营风险应当时在价值规律的指引下，产品或者服务价格的上涨或下降，及公司经营方法是否适应现实社会的发展状况，而导致的公司营利与亏损。

而本案中王某的投资的可期待利益无法得到并不是上述原因所至，而完全是由于公司股东会违反公司章程，侵犯股东权益所造成的等人为原因所至，那么我们认为造成这种不利后果的行为人应当承担相应的赔偿责任，这种因投资享受不到应有的权利和可期待利益的无法得到就是原告受到的损失。

有损失就应该有赔偿，那么这种情况如何赔偿呢首先困扰我们的就是可期待利益无法计算，股东的投资不能直接从公司撤出，这就为我们解决赔偿问题设制了障碍。我们为了解决这一问题，提出可以用股东的投资款及相应利息进行赔偿观点。首先，在《公司法》第三条规定：有限责任公司的股东是以出资额为限对公司承担责任，股份有限公司是以其所持股份为限对公司承担责任。

同时《公司法》第四条还规定了公司股东作为出资者按投入公司的资本额享有所有者的资产受益、重大决策和选择管理者的权利。同时，我们根据权利义务相一至的原则，履行义务，当然要享受权利。本案中，王某作为出资者履行了向公司投资的义务，成为了公司的股东，依法应当按照其投资额享受作为股东的权利。

然而，其履行完出资义务后，为公司经营运转进行了大量的工作，然而其却没有享受到任何作为股东的权利，公司的财务帐册无法见到，公司的经营决策无法了解，而且还股东冒用他的名字签署股东会决议，这些已完全与他履行的义务不相对等了。

既然股东会无端剥夺了他的股东权利，那么作为对公司的侵权的惩罚，他应该有权利拒绝履行自己的出资义务，把自己的投资款收回。然而这就又出现了一个难题出现了，公司法不允许股东直接撤资，如果股东要撤出公司，就要将自己的股份转让给他人，而这种转让又必须要招开股东会，而法院在判决中是不是能干涉公司的股东会决议呢，到现在为止没有规定。这样对此案来说就难以操作。

而如果只是以投资款作为一个赔偿标准，不从公司撤资，那即便真的能赔也只是从公司财产中赔，可是公司财产中还有一部份本身就是股东王某的，又如何区分哪部分钱是给他的赔偿款呢

另一方面，我们提出要赔偿股东投资几年来的利息，提出这一观点的理由尚不成熟。主要是我们认为如果股东向公司投资，在公司正常运转的情况下是有可能有红利的，如果真是由于经营风险所至，公司没有营利，那么王某当然无权要求公司支付。

但是目前的状况完全是由于公司的种种侵权行为，使公司丧失了商业信誉，同时也使王某获利的可能性丧失，而这时公司未获利的风险不能由王某来共同承担，为了对侵权人行为的惩戒，应当支付几年来的利息。以免除王某承担风险的责任。

《中华人民共和国公司法》第六十条一人有限责任公司章程由股东制定。

《中华人民共和国公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。

公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。

公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。