一是抵免方法不同。内、外资企业所得税相关法规（简称旧法）对境外投资税收抵免均有规定。企业所得税暂行条例规定，纳税人来源于中国境外的所得，已在境外缴纳的所得税税款（不包括减免税或纳税后又得到补偿以及由他人代为承担的税款），准予在汇总缴纳所得税时，从其应纳税额中扣除，但扣除额不能超过境外所得依照我国税法规定计算的应纳税额。根据外商投资企业及外国企业所得税法，外商投资企业相关规定与内资企业基本相同；外国企业在中国境内设立的机构、场所取得发生在中国境外的与该机构、场所有实际联系的利润（股息）、利息、租金、特许权使用费和其他所得已在境外缴纳的所得税款，除国家另有规定外，可以作为费用扣除，即通常所说的限额抵免法，属于直接抵免。

企业所得税法及其实施条例（简称新法）在保留了对境外所得直接负担的所得税给予限额抵免的办法，又引入了对股息、红利间接负担的所得税给予抵免，即间接抵免的方法。新法规定，居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税；非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。同时，新法明确，居民企业从其直接或者间接控制的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益，外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分，可以作为该居民企业的可抵免境外所得税税额，在抵免限额内抵免。需要注意的是，这里的外国企业是指依照其他国家（地区）法律在中国境外设立的公司、企业和其他经济组织，与新法中的居民企业和非居民企业是不同的概念。外国企业既可能是我国的居民企业，也可能是我国的非居民企业。

二是计算公式不同。旧法规定，纳税人境外所得扣除限额应当分国不分项计算，计算公式为：境外所得税税款扣除限额=境内、境外所得按税法计算的应纳税总额×来源于某外国的所得额/境内、境外所得总额。财政部、国家税务总局《关于发布境外所得计征所得税暂行办法（修订）的通知》（财税字〔1997〕116号）规定，纳税人在境外缴纳的所得税，在汇总纳税时，可选择定率抵扣办法，即经企业申请，税务机关批准，企业可以不区分免税或非免税项目，统一按境外应纳税所得额16.5%的比率抵扣。

新法对限额抵免计算公式进行了修改。企业所得税法实施条例规定，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，该抵免限额应当分国（地区）不分项计算，计算公式为：抵免限额=中国境内、境外所得依照企业所得税法和条例的规定计算的应纳税总额×来源于某国（地区）的应纳税所得额/中国境内、境外应纳税所得总额。

三是抵免期限不同。旧法规定，外商投资企业来源于境外所得在境外实际缴纳所得税税款，低于税法规定计算的扣除限额的，可以从应纳税额中扣除其在境外实际缴纳的所得税税款；超过扣除限额的，其超过部分不得作为税额扣除，也不得列为费用支出，但可以用以后年度税额扣除不超过限额的余额补扣，补扣期限最长不得超过5年。外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所，从中国境外取得的与该机构、场所有实际联系的股息、红利、利息、租金、特许权使用费和其他所得，应视为来源于中国境内的所得，如果这部分所得被境外税务当局征收了所得税，除国家另有规定者外，其在境外已缴纳的所得税税款可以作为费用扣除。

新法规定，企业取得的下列所得已在境外缴纳的所得税税额，可以从其当期应纳税额中抵免，抵免限额为该项所得的应纳税额；超过抵免限额的部分，可以在以后5个年度内，用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额进行抵补：

1、居民企业来源于中国境外的应税所得；

2、非居民企业在中国境内设立机构、场所，取得发生在中国境外但与该机构、场所有实际联系的应税所得。

新法还规定，企业对外投资期间，投资资产的成本在计算应纳税所得额时不得扣除；企业在汇总计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利；企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。

四是申报资料不同。旧法规定，外商投资企业在依照规定扣除税额时，应当提供境外税务机关填发的同一年度纳税凭证原件，不得用复印件或者不同年度的纳税凭证作为扣除税额的凭据。内资企业没有这方面的规定。

新法规定，企业依照企业所得税法的规定抵免企业所得税税额时，应当提供中国境外税务机关出具的税款所属年度的有关纳税凭证。此外，国家税务总局印发的《企业所得税汇算清缴纳税申报鉴证业务准则（试行）》（国税发〔2007〕10号）规定，进行境外所得税抵扣三方面内容要通过审核：

1、获取境外所得税抵扣和计算明细表，并与企业所得税纳税申报表等账表核对一致。

2、审核企业境外收入总额是否按照税收规定的范围和标准扣除境外发生的成本、费用，计算的境外所得、境外免税所得及境外应纳税所得额金额是否符合有关税收规定。

3、审核并确认企业本年度境外所得税扣除限额和抵扣金额是否符合有关税收规定，计算的金额是否准确。