棚户区改造中对于无证的房屋按违建进行拆除是没有法律依据的，棚户区房屋是不是违建，在认定的时候是比较困难的，存在很多历史遗留的问题，所以不一刀切按违建处理。

相关法律规定

《中华人民共和国城乡规划法》

第六十四条未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

第六十五条在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正;逾期不改正的，可以拆除。

对无证房补偿的判断

对无证房的补偿要结合建造的时间、当时的立法状况、当时的执法机关是否存在过错来综合判断：

对于严重违反城乡规划及土地管理法律，或明知已经发布征收公告或者即将被征收而恶意抢建的房屋应当不予补偿;对于房屋建造的时候是合法的，但没有合法产权证明，是由于不可归咎于其自身的历史遗留问题造成的，且如果被拆迁人在上述房屋内已长期生活居住，应当得到合法补偿安置。例如轰动全国的“浙江金华许水云案”中，许水云的房屋就属于典型的“无证房”，但却被法院认定为合法建筑，原因就在于其房屋的“无证”是政府没有及时发证所导致的，而并非其没有依法去报批。

总之，无证房性质的认定需要具体问题具体分析，每个人、每处房屋的情况都不同，不可简单的一概而论。建议被拆迁人要在房屋征收启动前尽早去相关部门针对自己的具体情况进行咨询，能补办证件的要及早补办，以免使自己以后的维权陷入被动之中。

几种确定可以得到补偿的无证房：

1.代代流传下来的祖宅

现在很多地区都存在祖宅这一类的房屋，有的被征收房屋干脆是建于民国时期的。在当时那个年代，许多房屋都是一代一代继承下来的，并没有房产证一类的房契类证明存在。无论如何，我们不能要求那些和故宫、皇城相府几乎同龄的建筑拥有所谓的“合法证件”。

2.农村宅基地范围内自行建造的房屋

在上个世纪80年代之前，国家对农村建房的要求并不是十分严格，建房办理手续也比较简单宽松，对房屋、土地确权方面很多都没有做到位。因此，农村还存在很多的无证房，只要是依法建造，获得村委会、乡镇政府某种形式批准的房屋，即使没有产权证明，在征地拆迁时也应当给予合理的补偿。

3.在合理范围内加盖出来的农村房屋

只要是在自家的宅基地上，没有“出圈儿”“越界”，农民经向“村长”打招呼就自行加盖二层、三层的情况是非常普遍的。毫无疑问，这类房屋并不构成土地违法，也未直接影响乡村规划，那么在面临征收时是应当给予一定的补偿的。实践中一些地方存在只认一层，二层以上加出来的一律按违建论处的做法，实际上是没有什么法律依据的。但需要注意的是，如果加盖部分是违反消防安全法规的彩钢板、泡沫填充房屋，那么被认定为违建是很难避免的事情。

4.棚户区改造项目中的一些简陋的房屋

这类房屋在建造时就是当事人为了生活所迫所建，改造项目的目的就是要提升其居住条件和生活质量。对这类“棚户”类房屋简单的按违建认定，无疑是与其行政目的不相符合的。