合同金额小于中标金额不合法。招标人和中标人应当依照规定签订书面合同，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。合同金额小于中标金额违反法律规定，合同无效。

一、合同双方经协商一致变更招标文件实质性内容，只是加重中标方责任的

在招投标活动公平合理开展的前提下，招标人与中标人依照招标文件和投标文件中标后，双方经协商一致对招标文件实质性内容进行更改的，且此种更改只是加重中标人责任的，这种更改应视为正当。如：折减工程款、工程尾款的延期给付、缩减工程工期、提高工程质量、加长工程保修期等。因为此种情形之下变更之后的结果，对中标人的要求更加严苛，并非出于招标方与中标方相互约定以非法牟取中标方中标为目的的。同时这也不会损害其他投标人利益，因为在评标过程中，中标方的投标方案已经是众多投标方案中最为优化的。因方案自身的优化夺取中标显然是合理的中标。其他中标人在招标中尚且不能胜过中标人，在加重中标人责任时，就更无法与中标人竞争了。此种变更不会剥夺其他投标人的商业机会，应属于合理情形下的变更，应当被法律所允许。一个工程中标后，招标文件载明按照完成产值的80%支付进度款，但发包人与承包人同意按照完成产值的70%支付进度款。这显然改变了招标文件的实质性内容，但是这样的约定被认定无效显然不妥。

二、我国施工合同与备案合同什么区别

施工合同跟备案合同是一样的；根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招投标管理办法》第四十六条规定：

招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。

当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。因为合同备案后具有法律效应，所以备案合同与施工合同内容不一致，需要以备案合同为准来进行结算。

三、投标保证金被没收的原因

（1）投标人在投标函格式中规定的投标有效期内撤回其投标；

（2）中标人在规定期限内未能；

（a）根据规定签订合同；或根据规定接受对错误的修正；

（b）根据规定提交履约保证金。

根据规定，投标人应提交规定金额的投标保证金，并作为其投标书的一部分。

未中标人的投标保证金，招标人最迟应当在中标通知书发出后5日内向中标候选人以外的其他投标人退还投标保证金，与中标人签订书面合同后5日内向中标人及其他中标候选人退还保证金。以现金或支票形式提交的投标保证金，招标人应当同时退还投标保证金的银行同期活期存款利息，且应退还至投标人的基本账户。但是，下列任何情况发生时，投标保证金将被没收：

1、投标人在招标文件中规定的投标有效期内撤回其投标；

2、中标人在规定期限内未能：

（1）根据投标人按规定签订合同或按规定接受对错误的修正；

（2）根据招标文件规定未提交履约保证金。

3、投标人采用不正当的手段骗取中标。