事业单位病假绩效工资是会被扣的，病假扣绩效是属于合法的，首先员工的绩效是根据员工工作情况而给予员工的奖励性待遇，在达标的情况下可以全额领取，员工请假没有工作，那么就没有绩效工资。第二员工在病假期间的工资有法律规定，是不得低于当地最低工资水平的80%。所以没有扣员工的基本工资就可以了。

《关于贯彻执行若干问题的意见》

劳部发〔1995〕309号

职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。

一、员工病假工资的计算方法

1、病假工资的基数按照以下三个原则确定：

(1)劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位(职位)相对应的工资标准确定。集体合同(工资集体协议)确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同(工资集体协议)标准确定。

(2)劳动合同、集体合同均未约定的，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，协商结果应签订工资集体协议。

(3)用人单位与劳动者无任何约定的，假期工资的计算基数统一按劳动者本人所在岗位(职位)正常出勤的月工资的70%确定。此外，按以上三个原则计算的假期工资基数均不得低于本市规定的最低工资标准。

2、病假工资的计算系数按照以下方式确定：

(1)职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，企业应按下列标准支付疾病休假工资：

①连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；

②连续工龄满2年不满4年的，按本人工资70%计发；

③连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发；

④连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发；

⑤连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。

(2)职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费：

①连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发；

②连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发；

③连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。

病假工资的计算基数和计算系数确定后，便可计算出病假工资的数额。

病假工资=(计算基数/21.75)×计算系数×病假天数。

此外《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定：“职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。”。