国税函是国家税务总局对本系统下属单位工作请示的批复函，属于税收规范性文件，依据相关行政法规和国税发[2004]132号规定，在税收法律、行政法规、部门规章之后。而《土地增值税暂行条例》是由国务院颁布，属于行政法规，法律效力高于税收规范性文件。根据《土地增值税暂行条例》第二条明确规定了土地增值税的纳税义务人为转让房地产的单位和个人，征税范围为转让房地产的行为。以股权转让方式转让房地产的行为，房地产的产权人在股权转让前后，并未发生变化，因此并未发生房地产的转让行为，且纳税义务人并非转让房地产的单位和个人，而是转让股权的单位和个人。国税函[2000]687号将该行为纳入土地增值税的征收范围，扩大了《土地增值税暂行条例》中关于土地增值税纳税义务人和征税范围的规定，明显超越上位法的规定，因而其法律效力和合法性存在疑问。

对以股权转让方式转让房地产的行为征收土地增值税的法律依据国税函文件，由于法律位阶较低，扩大上位法的规定范围，其合法性存在疑问。且在实际操作中存在增值额难以确定、重复征税和容易被规避等问题。笔者认为，在目前的法律框架下，对以股权转让方式转让房地产的行为不应征收土地增值税。

一、如果房地产股权转让缴纳土地增值税会面临哪些难点？

1、增值额难以确定。土地增值税实行四级超额累进税率，而确定税率的关键就是确定增值额。根据《土地增值税暂行条例》的规定，纳税人转让房地产所取得的收入，减除规定扣除项目金额后的余额，为应纳土地增值税的增值额。以股权转让方式转让房地产的交易中，要确定增值额，首先要确定房地产转让收入和扣除项目金额。扣除项目金额被转让企业账面有记载，容易获得。房地产转让收入应如何确定，转让方获得的是股权转让收入，包括房地产价值、股本价值和其他资产价值。哪些属于房地产价值，很难确定。

2、存在重复征税。适用国税函[2000]687号对股权转让行为征收土地增值税，是对股权转让方征税，被转让企业的土地账面价值不会相应得到调整，股权收购方在购买被转让企业股权，获得该房地产后，无论继续开发后转让或直接转让，均只能以被转让企业账面记载的房地产开发成本作为计算土地增值税的扣除项目金额，不能将股权转让方已经缴纳的土地增值税计入扣除项目金额。势必造成对同一房地产销售行为重复缴纳土地增值税的情况。