通常情况下，违法拆除厂房过程中可能造成的损失有四种：第一种是厂房本身；第二种是厂房拆除后剩余的建筑材料；第三种是厂房内的机械设备、原材料和产品；第四种是房屋拆迁造成的损失关闭。

此时，企业主应考虑在两种情况下由谁承担损失。第一种情况是，这座厂房实际上并不违法。

此时，被拆迁企业业主权益保护的重要方向是通过行政复议和行政诉讼，确认违法建设认定和拆迁过程中存在的违法问题。如果能够确认对违法建筑的认定和处理是违法的，那么被强拆的厂房自然是合法建筑，是被拆迁人的合法财产。法律保护公民的合法财产不受侵犯。此时，由于相关行政部门的错误行政行为，被拆迁人的财产受到损害，被拆迁人有权要求相应的损害赔偿（国家赔偿）。

此时，包括厂房的损坏、其他财产的损坏以及由此遭受的停产停业损失，都应予以赔偿或赔偿。第二种情况是，强拆厂房确实是违法的。

这个时候，违法建筑应该依法拆除，所以厂房被拆除，建筑本身的现存状态被消除是没有问题的，被拆迁人承担的这部分损失应该由被拆迁人承担。

但是，根据有关法律法规，有关行政执法人员在拆除违法建筑时，无权擅自处分被拆迁人的其他财产，更不用说因为拆除违建而损坏楼内财物了。

在拆除违法建筑过程中，有关行政管理部门应在拆除后及时拆除楼内财物，并及时保管、妥善安排、清点、交付给陈达相应物品。

强拆人员实施强拆时未拆除房屋内财物，或者拆除后未妥善安置、保管有关财物，或者未及时将财物交付被拆迁人的，或者未为被拆迁人妥善处理有关财产提供便利条件，造成被拆迁人违法建筑外财产损失的，被拆迁人可以依照国家赔偿法等有关规定要求赔偿损失。另外，违法拆迁的法律效力只是建筑物现有状态的丧失，被拆迁的建筑材料仍然是被拆迁人的合法财产，被拆迁人可以自行处置和使用。

需要特别提醒的是，在正常情况下，被拆迁人应当在合理范围内承担因拆迁不可避免造成的损害，但对被拆迁人的合法财产造成不应有损害的，应当赔偿被拆迁人。

同时，被拆迁厂房确属违法建设的，其生产经营损失和设备搬迁费用不是拆迁行为直接造成的，这部分损失一般由被拆迁企业自行承担。在维权实践过程中，每个企业的具体情况不同，维权的切入点也不同。但被拆迁企业的业主可以明确表示，无论被拆迁建筑是否违法，其认定和处理都应按照相关法律法规的要求进行。