程序违法的案件的处理方式为：撤销或者部分撤销判决，并可以判决被告重新作出具体行政行。判决被告重新作出具体行政行为的，被告不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为基本相同的具体行政行为。

一、行政诉讼案件如何确定被告主体

(一)直接向法院起诉和经过行政复议以后向法院起诉被告的确定。直接起诉的行政讼讼案件的被告是作出具体行政行为的行政机关。经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，作出原具体行政行为的行政机关是被告;复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告。

(二)、共同行政行为中被告的确定。两个以上行政机关作出同一具体行政行为的，共同作出具体行政行为的行政机关是共同被告。

(三)、行政授权关系中被告的确定。由法律、法规授权的组织所作的具体行政行为，该组织是被告。

(四)行政委托关系中被告的确定。由行政机关委托的组织所作出的具体行政行为，委托的行政机关是被告。

(五)行政机关被撤销后被告的确定。行政机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关是被告。

二、法院如何审理行政诉讼

人民法院审理行政案件，由审判员组成合议庭，或者由审判员、陪审员组成合议庭。合议庭的成员，应当是三人以上的单数。

行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求。

行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：

（一）主要证据不足的；

（二）适用法律、法规错误的；

（三）违反法定程序的；

（四）超越职权的；

（五）滥用职权的；

（六）明显不当的。

人民法院判决被告重新作出行政行为的，被告不得以同一的事实和理由作出与原行政行为基本相同的行政行为。

三、怎样确定政诉讼案件的被告主体资格

行政机关组建并赋予行政管理职能但不具有独立承担法律责任能力的机构，以自己的名义作出具体行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以组建该机构的行政机关为被告。行政机关的内设机构或者派出机构在没有法律、法规或者规章授权的情况下，以自己的名义作出具体行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以该行政机关为被告。在审理政府信息公开行政诉讼案件的时候，要以相关的法律规定为标准。而且也要确定了政府信息公开行政诉讼案件的被告究竟是谁，只有确定了被告，案件才能进行审理和判决，否则就会无效。