公安机关对职务侵占罪的犯罪所进行收缴后，应该对被侵占的公司进行退赔，如果退赔不能弥补损失的，被侵占的企业可以提起民事诉讼要求赔偿。

《中华人民共和国刑法》

第六十四条【犯罪物品的处理】犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

被害人不能申请执行刑事退赔

(一)非对当事人民事权益的具体裁判。从《刑法》目的解释的角度分析，仔细推敲《刑法》第64条，其规定未在第三章“刑罚”中，而是在《刑法》第四章“刑罚的具体运用”的第一节“量刑”中，具体是针对量刑的适用，即被告人是否退赔赃款是作为量刑的考虑情节，而非具有实际执行的效力。如果犯罪分子已经将该财物挥霍、非法转让或者因其他原因无法追回的，应当责令犯罪分子退赔；无法退赔的，在决定刑罚时，应作为酌定从重处罚的情节予以考虑。因此，《刑法》第64条的规定，主要是起到“具其加减”的作用，而非确定一种具体的刑罚，也非对当事人民事权益的具体裁判。因而，责令退赔并不是我国刑罚的种类，将其作为刑事判决的一项内容稍显牵强。

(二)刑事退赔不具有民事强制性。《刑法》第64条规定的“退赔”是指返还赃款赃物的意思，所针对的仅仅是犯罪分子违法所得的财物，不包括合法财物，而民事上的“赔”是指用自己所拥有的合法财产履行债务。

(三)刑事退赔不在执行范围之列。《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》第2条对何种法律文书可以作为执行依据予以了明确列举，其规定“执行机构负责执行下列生效法律文书：(1)人民法院民事、行政判决、裁定、调解书，民事制裁决定、支付令，以及刑事附带民事判决、裁定、调解书；(6)法律规定由人民法院执行的其他法律文书。”根据前文所述，“责令退赔”有别于刑事附带民事诉讼，且刑事判决中的财产刑及财产部分仅包括罚金、没收财产、追缴违法所得返还被害人、赔偿被害人损失等，“责令退赔”并不在其列，因此，有关执行的法律法规目前并未明确刑事判决中的“责令退赔”如何执行的问题。在法律无明文规定的情形下，被害人根据生效的刑事判决据以申请执行，尚缺乏法律依据。

(四)被害人的特殊诉讼地位决定其不能作为执行申请人。在诉讼法学中，被害人并不具备当事人资格，其既不是原告，也不是民事诉讼意义上的第三人，“将被害人作为公诉案件的诉讼当事人，虽然具有一定的积极意义，但在法理上难以自圆其说，在实践中则弊大于利”。被害人即使参加了刑事诉讼，也多以被害人的身份参加审理，其陈述只能作为证据供法院参考，法律实际上并未赋予其任何实体权利，例如上诉权。因此，笔者认为，在我国目前的刑事法学体系下，被害人不是适格的执行申请人，其在诉讼主体上不具有正当性。假设被害人可以申请执行，那么，如果被害人对刑事退赔判决确定的退赔种类、数量、金额持有异议，该如何处理如果赋予其上诉权，实质上就是允许其对刑事判决内容提出上诉，这无疑是与我国目前的刑事法律规定相冲突的，也与被害人的诉讼地位不相符。