1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由。例如，在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。再比如，建设工程施工合同，在施工中如果发包方想把与之有关的小工程再发包给承包方，承包方愿意承接，双方可以就增加的工程内容签订补充协议。

2、补充协议对主合同的多数条款不予变更。补充过多的新约定或者对主合同修改过多，则该补充协议就难以称之为补充协议。补充协议的内容非常广泛，可以是补充付款方式，也可以是补充验收程序，还可以是补充设计变更内容。在建设工程施工和设计合同中，使用补充协议的机会比较多，主要是因为在施工中或设计开始后，发包方又会有很多新问题需要承包方帮助完成，工程经常会出现变化，这时只要双方认可变更事项，履行法律变更手续即可。

3、补充协议不能违反法律、行政法规的强制性规定。补充协议的内容有当事人自由商定，但合同双方当事人不可以利用补充协议钻法律的空子，不可以规避法律程序性规定和实质性规定。例如，在建设工程招投标中，有的招标人中标后再与招标人签订补充协议，把正式中标合同交给政府部门备案，双方私下再签订一个补充协议，擅自改变合同标的或标价，双方按补充协议执行。在中标前，投标人与招标人事先约定好，按程序中标后，投标人给招标人降低一定价格，此条件为中标条件，这样形成的中标和补充协议违背法律规定，属于无效协议。也有的合同当事人利用补充协议损害国际利益或第三方利益，这样的补充协议也当属无效。例如，合同中将较小的部分工程发包给承包方，结果双方在补充协议中签订较大工程的合同，这属于规避法律关于建设工程招标的规定。较大的工程不能采用补充协议的方式签订合同，应当按招标投标程序办理，一般来说，补充协议的内容都属于主合同遗漏的内容或依附于主合同的小项目。

一、补充合同的效力

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

补充合同对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。

补充合同对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充合同对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。

比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充合同。

这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。

二、发生工期延误如何处理

当发生工期可以顺延的情况时，应按以下做法予以确认。承包人在工期可以顺延的情况发生后14天内，应将延误的工期向工程师提出书面报告。工程师在收到报告后的14天内予以确认答复，逾期不予答复，视为报告要求已经被确认。

当然，工程师确认的工期顺延期限应当是事件造成的合理延误，由工程师根据发生事件的具体情况和工期定额、合同文件等的规定予以确认。经工程师确认顺延的工期应该纳入合同工期，作为合同工期的一部分。如果承包人不同意工程师的确认结果，则按合同规定的争议解决方式处理。