一、合同是总公司签付款由分公司付是否合理？

合同是总公司签付款由分公司付的操作是合理的，总公司与分公司的关系：

1、分公司是与总公司或本公司相对应的一个概念。许多大型企业的业务分布于全国各地甚至许多国家，直接从事这些业务的是公司所设置的分支机构或附属机构，这些分支机构或附属机构就是所谓的分公司。而公司本身则称之为总公司或本公司。

2、分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。

3、分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。

二、设立分公司的具体条件

1、公司的登记事项包括：名称、营业场所、负责人、经营范围。并且分公司的名称应符合国家有关规定，分公司的经营范围不得超出公司的经营范围。

2、应当自决定作出之日起30日内向公司登记机关申请登记，法律、行政法规规定必须报经有关部门审批的，应当自批准之日起30日内向公司登记机关申请登记。

3、登记应提交下列文件：首先，公司法定代表人签署的设立分公司的登记申请书。其次，公司章程以及由公司的公司登记机关加盖印章的《企业法人营业执照》复印件。另外，营业场所使用证明。最后，公司登记机关要求提交的其他文件。分公司不具有法人资格，其资产不能承担责任时最终应总公司来承担。

三、分公司的主要特点有：

1、分公司是由隶属公司依法设立的；

2、分公司没有自己独立的财产，与隶属公司在经济是统一核算，其在经营活动中的负债由隶属公司负责清偿；

3、分公司不独立承担民事责任，没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关；

4、分公司没有独立的名称，其名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。

《公司法》第十四条分公司与子公司

公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。