公司合并后原公司债务应当由存续的公司承继，公司合并需要进行工商变更登记。根据相关法律规定，被合并的公司应当申请注销登记，此时不需要进行清算。

一、公司合并流程的法律程序

公司合并的程序通常如下：

1、董事会制订合并方案。

2、签订公司合并协议。公司合并协议是指由两个或者两个以上的公司就公司合并的有关事而订立的书面协议。协议的内容应当载明法律、法规规定的事项和双方当事人约定的事项，一般来说应当包括以下内容：

(1)公司的名称与住所。

(2)存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。

(3)合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法。

(4)合并各方所有的债权、债务的处理方法。

(5)存续公司的公司章程是否变更，公司章程变更后的内容，新设公司的章程如何订立及其主要内容。

(6)公司合并各方认为应当载明的其他事项。

3、编制资产负债表和财产清单。此外，公司还要编制财产清单，清晰地反映公司的财产状况。财产清单应当翔实、准确。

4、合并决议的形成。公司合并应当由公司股东会或者股东大会作出合并决议，之后方进行其他工作。公司合并会影响到股东利益，如股权结构的变化。

5、向债权人通知和公告。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日在报纸上公告。

6、合并登记。合并登记分为解散登记和变更登记。公司合并以后，解散的公司应当到工商记机关办理注销登记手续；存续公司应当到登记机关办理变更登记手续；新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。公司合并只有进行登记后，才能得到法律上的承认。

二、公司股权合并项下的投资款如何处理

依据我国公司法的规定，公司合并后投资款一般是由合并后存续的公司或者新设的公司承继，而债权人可以要求公司清偿债务或者为债务提供担保。《中华人民共和国公司法》第一百七十三条，公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。第一百七十四条，公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

三、公司合并方式有哪些？

公司合并的方式有吸收合并和新设合并。吸收合并是指一个公司吸收其他公司，被吸收的公司解散。新设合并是指两个以上公司合并设立一个新的公司，合并各方解散。公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。