代位执行的适用在程序上分为以下几个阶段：

(一)申请执行人或被执行人提出代位执行的申请

代位执行在开始上只能采用申请方式，而不能由人民法院依职权发动。代位执行申请原则上只能由申请执行人提出，被执行人也可提出。这一项程序在司法实践中往往被忽视。实践中有的法院只要一查到被执行人有到期债权，就急于采取措施，而放松了这一方面的程序要求。但鉴于司法实践中申请执行人往往难以知晓被执行人的债权状况，人民法院在执行中发现被执行人有到期债权的，应告知申请执行人，由其决定是否申请适用代位执行。申请一般应采用书面形式，口头提出的，执行人员应记入笔录，并由申请人签名或盖章。申请要说明，被执行人与第三人之间债权债务关系的事实，债权种类与数额，代位申请执行的事实与理由，并提供相应的证据。

(二)人民法院向第三人发出履行通知

人民法院接到代位执行申请后，应予审查。审查的重点是代位执行申请在形式上是否符合前述条件，同时也应对被执行人和第三人之间的债权债务关系是否明确、合法且已到期进行审查。例如，被执行人根据购销合同对第三人供货后，第三人应付货款给被执行人，那么被执行人对第三人则享有到期债权；又如被执行人承建某工程，但尚未竣工，也就无法验收，此时债权尚不明确，也未到期，这种情况下就不能代位执行。经审查，对不符合条件的，应驳回申请；对符合条件的，则向第三人发出履行到期债务的通知。履行通知应当包含下列内容：

(1)第三人直接向申请执行人履行其对被执行人所负的债务，不得向被执行人清偿；

(2)第三人应当在收到履行通知后的十五日内向申请执行人履行债务；

(3)第三人对履行到期债权有异议的应当在收到履行通知后的十五日内向执行法院提出；

(4)第三人违背上述义务的法律后果。履行通知必须直接送达第三人，而不得采用其他送达方式。这里的履行通知既区别于向被执行人发出的执行通知书，也区别于向有协助义务的单位和个人发出的协助执行通知书。司法实践中有些法院以执行通知书或协助执行通知书代替履行通知，这是不符合法律要求的。

(三)第三人异议

第三人接到履行通知后，有权提出异议。第三人对履行通知的异议一般应当以书面形式提出，口头提出的，执行人员应记入笔录，并由第三人签字或盖章。第三人主要应就被执行人对其是否享有债权、双方是否存在对待给付义务以及债务数额等提出异议。第三人在履行通知指定的期间内提出异议的，人民法院不得对第三人强制执行，对提出的异议也不进行审查，但第三人提出自己无履行能力或其与申请执行人无直接法律关系的，不成为异议，也不产生相应的效力。司法实践中经常发生在执行程序中审查第三人的异议，并驳回其异议，进而对第三人强制执行的情况，这是不符合《执行规定》的立法精神的，也不利于从程序上保护第三人的实体权利，应予纠正。第三人对债务部分承认、部分有异议的，可以对其承认的部分强制执行。如果第三人收到人民法院要求其履行到期债务的通知后，擅自向被执行人履行，造成已向被执行人履行的财产不能追回的，除在已履行的财产范围内与被执行人承担连带清偿责任外，还可以追究其妨害民事诉讼的责任。

(四)对第三人强制执行

第三人在履行通知指定的期限内没有提出异议，又不向申请执行人履行的，执行法院有权裁定对其强制执行。此裁定同时送达第三人和被执行人。基于债权人代位权的要求，被执行人若在收到人民法院的执行通知后，放弃其对第三人的债权或延缓第三人履行期限的，被执行人此种行为无效，人民法院仍可在第三人无异议又不履行的情况下予以强制执行。这里需要注意的是，代位执行的执行依据是人民法院作出对被执行人债权强制执行的裁定，而不是人民法院向第三人发出的履行到期债务的通知。以履行通知作为代位执行的根据不仅不符合诉讼原理和《民事诉讼法》及《执行规定》的规定，而且还会在代位执行实践中滋生出难以得到合理解释与妥当的棘手问题。

对第三人强制执行的措施与民事诉讼法的一般执行规定相同，也即可对第三人的金钱和财物采取冻结、划拨和查封、扣押、拍卖、变卖等强制执行措施。如果第三人妨碍执行活动的，人民法院还可依法对其采取强制措施。代位执行完毕，申请执行人与被执行人、被执行人与第三人之间的债权债务关系即行消灭。第三人按照人民法院履行通知向申请执行人履行了债务或已被强制执行后，人民法院应当出具有关证明。