非法证据排除有以下程序：

1、程序启动；

2、法庭初步审查；

3、控方证明；

4、双方质证；

5、法庭处理。

采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。

在审判实践中适用非法证据排除规则排除非法证据的具体方法

对非法证据的审查与排除，在审判实践中一般都是从审查证据的合法性入手，从证据来源是否合法，是否符合法定形式，证据的取得是否符合法律、法规、司法解释和规章的要求，证据是否经过法庭质证等几个方面来审查。在排除的方法与操作步骤上却因法官对行政立法基本原理、立法精神的理解和对该原则的认知程度不同，而出现各种各样的偏差。甚至会出现同一类型和性质的证据，基于上述原因由不同法官审查和判断时会得出不同的结论，即有的排除，有的则采用，这样就可能使相同类型和性质的行政诉讼案件的裁判结论大相径庭。在适用该规则排除行政诉讼非法证据时，应着重把握以下几个关键的诉讼环节来审查排除：

（一）在当事人举证时审查排除

这一环节是证据进入审判程序的第一道关口，也是审查和判明非法证据而予以排除的首要环节。在举证时将非法证据排除主要有两种比较实用的方法：一是时间排除法。根据行政诉讼法、最高法院的《若干规定》的规定，被告负有对被诉的具体行政行为在法定期限内提供证据的举证责任，如果无正当理由不能提供证据的，将视为被诉具体行政行为没有相应的证据。这样规定的目的，主要是为了防止行政机关在作出具体行政行为后再补充有关证据。以作出具体行政行为的时间为临界点，凡在此后再行补充的证据，均属于违反法定程序所取得的证据，应视为非法证据而予以排除。二是法定形式排除法。人民法院在收到当事人提交的证据材料时，首先应当进行形式审查。在审查中发现证据有前文所提及的证据形式不符合法律规定的情形时，应从中辨别非法证据并记录说明，以便在证据交换或庭审调查中予以排除。

（二）在证据交换时审查排除

证据交换是审查证据的第二个环节。其功能主要是对当事人提供的所有证据进行筛选鉴别。首先，要把证据区分为三类：一类是与本案无关的证据，第二类是双方当事人均认可不需要质证的证据，第三类是双方存有异议需要在庭审中质证的证据。其次，要重点把握当事人争议较大的证据。一般说来，行政诉讼中的非法证据有两种：一种是行政主体在过失的情况下形成和提供的，一种是严重违法获得或故意制造的。无论是哪种情况，多是与案件的事实和是非曲直息息相关的证据。与双方当事人无异议的证据相比较，这些存有异议的证据往往就是非法证据的藏身所在。应当重点进行审查，以便将隐藏其中的非法证据找出来直接排除或在庭审调查中予以排除。

（三）在当事人申请调取证据、补充证据和法院依职权调查时审查排除

行政诉讼法规定：人民法院有权要求当事人提供或者补充证据，有权向行政机关以及其它组织、公民调取证据。最高法院的《若干规定》对人民法院依职权调取证据的范围作出了原则性的限制，又对原告或第三人收集或调取证据作了禁止性规定：原告或第三人不能自行收集证据，但能够提供确切线索的，可以申请人民法院调取证据材料。审判实践中，凡当事人申请人民法院调取的证据往往恰是对证明案件关键事实密切相关的重要证据。这些证据的调取过程，也是对当事人提供的其他证据相互印证和甄别的过程。在这一过程中通过对各种证据的认真审查和判断，就可以发现和剔除其中的非法证据，也是排除非法证据的一个重要环节。

（四）在庭审质证时审查排除

庭审质证是对证据的关联性、合法性和真实性（客观性）进行全面审查，对证据有无证明效力和证明效力的大小进行质询、评价的诉讼过程，质证阶段是对非法证据排除的最为关键和最为核心的环节。依照《行政诉讼法》和《若干规定》的规定，当事人及其代理人可以就证据问题相互发问，也可以向证人、鉴定人或者勘验人发问。质证的功能在于通过当事人就证据加以说明、解释及相互质疑，使证据的可信程度和疑点得到充分展示，为法庭认定证据提供保障。当事人的质疑及向对方发问可以使法庭从中发现证据是否具有违法的线索，为法庭审查和排除非法证据提供必要的准备。

（五）在合议庭评议时排除

这一环节是排除非法证据的最后环节。根据最高法院《关于人民法庭合议庭工作的若干规定》，合议庭成员进行评议时，应当认真负责地充分陈述意见，独立行使表决权，应当提出事实根据和法律依据，作为合议庭评议的重要内容。评议证据是否确实，它包括评议证据来源和内容是否合法、是否有效及效力大小，当然也包括对无关证据和非法证据的排除。经合议庭评议确定为非法证据的，如果涉及的案情重大，还需要提请院长审查，提交审判委员会讨论决定，并对提供非法证据负有责任的人给予相应的处罚。在审判实践中，无论是在行政诉讼过程中的哪一环节发现的非法证据并进行排除时，都应在制作法律文书时一一叙明排除的理由和依据，以增强法律文书的说理性和裁判力。

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《刑事诉讼法》第五十六条规定，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。

收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。

在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。