新《土地管理法》中规定征收永久基本农田是由国务院进行审批。

新《土地管理法(修正案)》第四十六条规定：征收下列土地的，由国务院批准：(一)永久基本农田；(二)永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷的；(三)其他土地超过七十公顷的。征收前款规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。征收农用地的，应当依照本法第四十四条的规定先行办理农用地转用审批。其中，经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批；经省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，超过征地批准权限的，应当依照本条第一款的规定另行办理征地审批。

因此征收基本农田必须由国务院审批。

一、对基本农田的保护制度

另外，国家实行永久基本农田保护制度。下列耕地应当根据土地利用总体规划划为永久基本农田，严格管理，实行特殊保护：

(一)经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油、糖等重要农产品生产基地内的耕地；

(二)有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田；

(三)蔬菜生产基地；

(四)农业科研、教学试验田；

(五)国务院规定应当划为永久基本农田的其他耕地。

各省、自治区、直辖市划定的永久基本农田应当占本行政区域内耕地的百分之八十以上。

永久基本农田划定以乡(镇)为单位进行，由县级人民政府土地行政主管部门会同同级农业行政主管部门组织实施。永久基本农田应当落实到地块，设立保护标志，并由乡(镇)人民政府将其位置、范围向社会公告。

本条规定第一款明确了永久基本农田的类型。这些被划为永久基本农田的土地是法律严禁征收的，即使是国务院也不得征收。本条第二款规定，各地划定的永久基本农田面积不得少于行政区域内的80%，换句话说各地能够征收征用的耕地不得大于本行政区域内的20%。并且永久基本农田需要落实到块，设立保护标志，并且乡(镇)人民政府还要将位置、范围向社会公告。

对被征收来说，这是一个利好的消息。首先，当地政府如果要征收自家的耕地的，先看耕地是不是属于永久基本农田的范围，如果属于则无权征收；其次，看当地政府在征收公告中的征收面积是多少，是否都是耕地，超过35公顷的耕地征收无权；第三，可以申请信息公开，查询本行政区域内的土地规划方案，国家严格控制耕地转为非耕地，该规划方案有没有经过经过省级政府的批准以及国务院的备案。