一般情况下，分居两年并不会自动离婚。婚姻关系不会自动解除。法院准许离婚的，只有一个前提条件：夫妻关系确已破裂。由于感情不和分居满两年，只是准许离婚的其中一个条件，只要可以证明因感情不和分居满两年的，那么人民法院就能判决离婚。离婚只有2种途径：1、登记离婚；2、诉讼离婚。

夫妻分居两年自动离婚孩子怎么办

首先，不存在夫妻分居两年，自动离婚的情形。

其次，关于孩子的抚养权分配问题，根据《民法典》第一千零八十四条？？父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

哺乳期内的子女由母亲抚养为原则。哺乳期后的子女由谁抚养的问题。首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。

如果子女是已满10周岁的未成年人，父母双方对于子女随父或随母生活发生争执时，应考虑该子女的意见。如果一方有严重疾病或对孩子健康成长不利的，抚养权原则上由另一方获取。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六【协议离婚】夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。