1.反补贴调查将影响我国所有产业及产品。从国外反补贴的实践看，反补贴措施所涉及的产业分布范围较广，但主要是饮料、烟草、塑胶产品、纺织品、化工产品、机电产品和轻工产品等。我国具有比较优势的劳动密集型及中低技术产品都在其中。更为严峻的是，与反倾销案件之间互不适用不同，反补贴打击的目标往往涉及政府补贴对象的下游企业甚至整个产业链。例如，电力、能源等基础生产资料的特定补贴，有可能涉及特定一家或数家钢铁厂及其下游厂家。而且，只要有一个案件成立，证据就会被用到其它产品上，使出口全部受阻。

2.反补贴调查不仅涉及企业，而且影响经济的各领域。以加拿大对我国发起的首起反补贴调查——烧烤架反补贴案为例，天津、上海、江苏、浙江、山东及湖南等地的20余家企业接受了加拿大边境服务署有关钢制紧固件的反补贴调查，调查内容包括9项，分别为经济特区的鼓励措施、根据出口实绩和雇佣普通员工的情况提供的补助、优惠贷款、政府提供的贷款担保、所得税抵免和所得税的减免、生产投入的关税及其他税款减免、土地使用费用的减征、从国有企业购买产品的补贴及其他补贴项目，其危害不容忽视。

3.反补贴易引起连锁反应，出现被其他国家滥用的趋势。当出口产品在一国遭到反补贴调查后，其他国家担心出口商品转向，也会对其发起反补贴调查，并出现滥用的趋势，严重破坏国际市场秩序。

4.反补贴会削弱出口产品竞争力，并在政治上造成负面影响。由于反补贴本身就比较复杂，涉及的信息收集难度很大，所以应诉反补贴的难度十分巨大。而且，反补贴调查立案后，企业和政府将面临繁琐的问卷调查和高额的法律诉讼费用，一旦成立，将根据补贴数额被征不超过五年的反补贴税，这些都将使出口产品的竞争力大为减弱。如，在复合木地板反补贴一案中，国内十几家制造商被终裁认定存在0%—9.2%的补贴量，加权平均补贴量为3%。不少应诉企业认为加拿大调查机关认定的补贴量超过了企业实际所得。

反倾销所引起的经济损失主要是针对企业而言，而反补贴则在政治意义上产生影响，一旦被实施反补贴，一国政府对经济的控制和干预将受到他国的间接干涉，对经济的调控手段将受到很大限制。