1、客体不同；交通肇事罪侵犯的客体，是交通运输的安全。以危险方法危害公共安全罪，侵犯的客体是社会公共安全，即不特定多数人的生命、健康或者大量公私财产的安全。

2、客观要求不同；交通肇事罪要求违反交通运输管理法规，并且发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受大损失的行为。以危险方法危害公共安全罪在客观方面表现为以其他危险方法危害公共安全的行为从司法实践来看，以危险方法危害公共安全的犯罪突出表现在：以驾车撞人的危险方法危害公共安全，包括高速飙车威胁公共安全行为。

3、主观故意不同；交通肇事罪主观方面表现为过失，危险方法危害公共安全在主观方面表现为犯罪的故意。交通肇事罪主观方面表现为过失，包括疏忽大意的过失和过于自信的过失。行为人在违反规章制度上可能是明知故犯，如强行超车、超速行驶等，但对自己的违章行为可能发生重大事故，造成严重后果，应当预见而因疏忽大意，没有预见，或者虽已预见，但轻信能够避免，以致造成了严重后果。危险方法危害公共安全在主观方面表现为犯罪的故意。即行为人明知其实施的危险方法会危害公共安全，会发生危及不特定多数人的生命、健康或公私财产安全的严重后果，并且希望或者放任这种结果发生。实践中这种案件除少数对危害公共安全的后果持希望态度，由直接故意构成外，大多持放任态度，属于间接故意。

4、犯罪后果要求不同；交通肇事要求有严重后果，危险方法危害公共安全罪是危险犯罪，只要是行为人所使用的危险方法足以危及到公共安全，即使没有发生严重后果，也可构成本罪。

5、处罚不同；交通肇事罪最高为有期徒刑，危险方法危害公共安全罪处罚最高位死刑。犯交通肇事罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役；交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下羊期徒刑，因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。以危险方法危害公共安全，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑；犯本罪致人重伤、死亡或者便公私财产遭受重大损失的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。交通肇事罪和以危险方法危害公共安全罪其实是有很大的区别的，交通肇事罪主观上是过失，而以危险方法危害公共安全罪主观上则是故意，况且，交通肇事罪是没有死刑的，而以危险方法危害公共安全罪是可能判死刑的。