传染病菌种扩散罪处罚根据造成的后果不同分为两种情况：后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。注意本罪犯罪主体为特殊主体是从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，若没有该身份则不成本罪。

法律依据：

《刑法》第三百三十一条从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

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不同阶段律师的作用？

1、协商阶段：律师可以就赔偿协议和谅解书的具体内容进行把关，找到漏洞进行反击，成本低节约双方时间。

2、仲裁阶段：律师可以帮助当事人分析案情和利弊得失，使当事人明确自己在仲裁中所处的地位。律师接受聘请仲裁以后，应当出庭参加仲裁，参加庭审调查和辩论，依法陈述意见和要求。若当事人不履行仲裁裁决，可依据法律规定向有管辖权的法院申请强制执行。

3、诉讼阶段：

（1）可以降低诉讼风险，诉讼涉及很多法律专业知识，因此，聘请了律师，则能全面控制和防范诉讼风险。

（2）作为原告请律师能全面提出索赔请求，作为被告则能与对方权利对等。律师在全面了解案情后，能就受害人所遭受的损失，提出全面的赔偿，并指导当事人或者由律师完整的收集证据，以便最大可能的使自己提出的请求得到支持。作为被告的代理律师同样可以与之对抗，维护正当权益。

（3）请律师能减少当事人的痛苦。普通人很少会和法院打交道，特别是碰上不讲理的对方，一个普通人很难接受这样的现实，请律师以后就可以全权委托律师处理，少了很多烦心事。请律师胜诉更有保障，索赔更充分。

《中华人民共和国刑法》（2020修正）：第二编　分则 第六章　妨害社会管理秩序罪 第五节　危害公共卫生罪　　　　第三百三十一条　从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种、毒种扩散，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。