自然人独资公司不是只能有一个。个人独资企业可以注册多个。法律对自然人注册个人独资企业的数量未作限制，只要符合相关规定，自然人可以成立多个个人独资企业，自然人要成立个人独资企业的，应当去登记机关办理注册登记，符合法律规定的，登记机关应当予以登记，并且发放营业执照。因此个人独资企业可以注册多个，只要自然人是按照相关规定办理的，应当具有法律效力。

自然人独资公司与有限责任公司的区别包括哪些

自然人独资公司与有限责任公司的区别主要包括：

1、公司设立数量上的区别：一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司。该一人有限责任公司不能投资设立新的一人有限责任公司。也就是说你不能再投资另一个这样的艺人有限公司了，也不能用你现在的公司作为投资方再设立另一个同样的公司。

2、税负方面的区别：有限公司以出资为限对外担责，自然人独资也称为一人公司，公司对外负债如不能证明个人财产独立于公司可能突破出资额度对外程度责任，担在税负方面自然人独资公司更低。

3、法律定义上的区别：有限责任公司以其公司资产为限承担责任，有限责任的根本意思就是，股东以出资为限，用出资来承担公司的经营和分红以及债务。通俗说，就是亏了，让出资打了水漂，除此不承担任何债务或经济责任。一人有限责任公司和普通有限责任公司在登记时要注明，在营业执照要标明，即一人有限责任公司在公司登记中注明自然人独资或者法人独资，并在公司营业执照中载明。

4、公司结构上的区别：有限责任公司（有限公司）这种形式一般适于中小型非股份制公司。自然人独资有限公司是指只有一个自然人股东的有限责任公司，即一人有限责任公司；自然人控股的有限责任公司是指由五十个以下股东出资设立而自然人绝对控股或相对控股的有限公司。

《中华人民共和国个人独资企业法》第九条申请设立个人独资企业，应当由投资人或者其委托的代理人向个人独资企业所在地的登记机关提交设立申请书、投资人身份证明、生产经营场所使用证明等文件。委托代理人申请设立登记时，应当出具投资人的委托书和代理人的合法证明。

个人独资企业不得从事法律、行政法规禁止经营的业务；从事法律、行政法规规定须报经有关部门审批的业务，应当在申请设立登记时提交有关部门的批准文件。