对确认无效判决有了恰当的定位之后，就很有必要探讨一下它应该如何适用。一个可行的处理方式才能体现出确认无效判决的价值所在，并且弥补现阶段无效行政行为理论的不足。

笔者十分赞同这样的主张：在行政诉讼审判阶段，当行政行为的“无效”与“可撤销”之分没有成为一个必须解决的问题被提出时，法院可以甚至应当将其视为可撤销的行政行为处理.这样的处理结果同样可以达到确认无效判决所要达到的目的，而且如此处理，还大大减轻了法官区分“无效”与“可撤销”的负担以及区分错误的风险。况且，在无效行政行为理论制度化基本空白的境地下，这样处理具有现实意义。

那么，余下的问题就是，在怎样的情况下“无效”与“可撤销”之分，才会成为一个必须解决的问题。

首先，我们有必要确立确认无效判决独特的诉讼时效制度，即相对人请求法院作出确认无效判决时，不受现阶段的诉讼时效制度的限制.作为替补性判决的确认无效判决理应在诉讼程序上与撤销判决有所区分，否则其完全可能被撤销判决所吸收。正如一些学者所言：“无效行政行为非他，乃一类特殊的违法行为而已，若没有诉讼程序上的差别，确认无效判决完全可以为撤销判决或确认法判决所吸收，而无需其独立存在的形式.所以，当相对人在常规的起诉期限之外起诉时，确认无效判决就作为一种开拓救济手段而具有存在的意义，更有利于监督行政机关以及维护相对人的合法权益。简言之，相对人在常规的诉讼时效之外起诉的，确认无效判决成为一种必要。

其次，如果相对人在常规的起诉期限之内起诉，而又明确提出请求法院作出确认无效判决时，确认无效判决也成为一种必要(法院审查后，认定被诉具体行政行为确属无效时)。这也是由“判与诉是相对应的，判决是对诉讼请求的回应”的理论使然。

然而，与此同时，又产生了一个不容回避的问题。当相对人请求法院作出确认无效判决时，由谁来举证证明被诉行政行为无效呢?根据我国《行政诉讼法》及《解释》的相关规定，行政诉讼中被告对具体行政行为的合法性承担举证责任。但是，当被告不提供证据或提供的证据无法充分证明具体行政行为合法时，我们仅可以判断具体行政行为违反了法律的相关规定，却无法据此判断具体行政行为属于无效。因为，如前文所述，何为无效行政行为采取的是“重大且明显”说，无效行政行为在行政法学上的特殊内涵是比一般违法行政行为程度更加严重且明显的行政行为。其外延无法包括于一般违法行政行为之中.换句话说，我们尚不能通过被告的举证来推定具体行政行为无效。那么，证明具体行政行为无效的责任自然就落在相对人身上。诸多学者对无效行政行为举证责任的分配问题都作出了充分的论证，结果表明相对人承担具体行政行为无效的举证责任，具有可行性和必要性,对此，笔者亦表示赞同。