一、重视未分别核算各类营业收入，被税务机关从严征收带来的税收风险。

部分"营改增“企业没有按照纳税需求分别核算各类收入，在申报纳税时临时拆分各类收入，此举难免会造成申报数据的混乱和不准确，税务机关在遇到这种情况时往往按照税法的规定从严征税，由此使部分企业税收负担加重。

二、重视发票使用不当产生的税收风险。

目前，“营改增”企业在增值税专用发票的使用上最容易忽略的问题有三个：一是不按规定索取合规的扣税凭证;二是取得了合规凭证，未能在规定时间内到税务机关认证;三是由于对增值税法规了解不够，能够取得合规扣税凭证的情形，却没有取得，仅取得了普通发票或者收据，丧失了抵扣税款的机会。

三、重视违规操作抵扣被加处罚款和滞纳金的税收风险。

部分企业在“营改增”之后获得了一般纳税人资格，具有抵扣进项税额的权利，但由于企业没有完全适应“营改增”带来的涉税变化，未能准确界定增值税进项税的抵扣范围，或者违规操作抵扣，从而造成超范围抵扣进项税额，结果被税务机关查处，给企业带来了经济损失。

四、重视财务核算不健全带来的税收风险。

增值税纳税企业在会计核算上比营业税纳税企业更为复杂，要求也更加严格，营业税依据各项收入和对应的税率就可以计算出应纳税额，而增值税在计算应纳税额时需准确核算各类收入和“应交税金——应交增值税”下的各个明细账，如果会计核算不健全，就不允许抵扣进项税额，这个必然会加重企业的税收负担。

五、重视因分不清“营改增”税收优惠条件，造成无法享受优惠的税收风险。

在增值税的制度安排中，减免税安排一般非常慎重，因为减免税容易破坏增值税抵扣链条环环相扣的完整性。但是，为了平稳推进“营改增”改革试点，减轻试点企业税收负担，“营改增”试点方案规定了多个免征增值税项目和即征即退增值税项目。目前，“营改增”税收优惠很多，但当事企业必须看清楚增值税优惠的前提条件。“营改增”对特殊服务收入分别施行了免征、零税率、退税等税收优惠，其目的是为了减轻纳税人的税收负担，以支持、鼓励某些特殊行业或对象的发展。但是，部分“营改增”企业习惯于沿用以往缴纳营业税时期的核算方法，在会计处理上没有按照“营改增”有关政策规定将免税、减税项目的各项服务收入准确划分并分别核算，结果被税务机关取消了免税、减税的优惠。