理解关于药品通用名称与商标之间的冲突就要了解其两者冲突的原因是什么，随之便知道药品通用名称与商标之间的冲突有很多是可以避免的。

1、出现药品通用名称和药品注册商标之间的冲突，其原因在于：药品生产企业在申报药品注册时，将其注册商标作为药品通用名称的组成部分进行申报，或者将药品通用名称的核心部分注册为商标。

在现行药品管理制度下，药品标准是开放性的，任何具备药品生产资质的主体均可以申请使用已经颁布的药品标准仿制相同药品，且只能使用原药品标准中确定的药品通用名称，而该通用名称如果是他人的注册商标，便会与他人的注册商标发生冲突。

我国商标法规定，含有通用名称的注册商标权利人无权禁止他人正当使用，因此已经成为药品通用名称同时又是注册商标的，注册商标专用权人无权禁止他人正当使用。

2、实践中，造成药品通用名称同时是药品注册商标的主要原因：在于有的药品注册商标权人缺乏商标保护意识，将其注册商标作为药品通用名称的组成部分申报为药品名称，令其注册商标专用权进入公共领域，成为公共权利；有的药品注册商标权人为了获得垄断资源，恶意将药品通用名称的组成部分注册为商标使用。药品通用名称属于公共资源，不能被任何人垄断和独占。含有通用名称的注册商标丧失专用权，正是出于优先保护社会公共利益的考虑。

而且，在药品领域已丧失了商标专用权的注册商标，仍可在其他类别商品上注册商标并享有专用权。他人在药品上依法使用通用名称，且药品包装及标签上已使用自己的注册商标及企业名称标识商品来源，并不会令相关消费者产生误认和混淆。

我国药品管理法第三十一条规定：生产新药或者已有国家标准的药品的，须经国务院药品监督管理部门批准，并发给药品批准文号；药品生产企业在取得药品批准文号后，方可生产该药品。因此，药品监督管理部门对药品生产的行政许可行为，是实质性的行政行为，是我国法律赋予有关行政主管部门特有的权力，该行政许可行为在未经行政复议、行政诉讼程序予以撤销、变更之前，不能直接否定行政许可的相对人即药品生产企业出于对行政机关的信赖按行政许可行事的正当性。