可以直接向乡(镇)农村经营管理部门或县级以上地方人民政府农业行政主管部门提出更正申请。

乡(镇)农村经营管理部门或县级以上地方人民政府农业行政主管部门发现土地登记簿记载的事项确有错误的，根据错、漏登记宗地的原土地所有者或使用者的原土地登记申请书，进行补充地籍调查，填写土地变更登记审批表，报原批准登记发证机关审批。

根据《农村土地承包经营权证管理办法》第十一条规定：“农村土地承包当事人认为农村土地承包经营权证和登记簿记载错误的，有权申请更正。”

第十五条规定，“办理农村土地承包经营权证变更申请应提交以下材料：变更的书面请求;已变更的农村土地承包合同或其他证明材料;农村土地承包经营权证原件。”

第十六条规定：“乡(镇)人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。”

处理此类问题应当把握的原则是：

一是《农村土地承包法》第二十四条规定：“县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。”

《农村土地承包经营权证管理办法》第二条规定：“农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。”

第四条规定：“县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等具体工作。”

村干部不能代表政府部门填写土地承包经营权证。在二轮土地承包时，一些地方由村干部填写土地承包经营权证，出现了许多错误，引发了权证管理方面的问题。

二是土地承包经营权证的更正，是指土地承包经营权证记载发生错误，发证机关依照当事人申请改正土地承包经营权证的内容。

土地承包经营权证的变更，是指因土地承包经营权人、土地承包经营权发生变化，包括承包方代表的变更、因互换、转让、征收、占用、分户、并户等原因导致的承包地块增减、承包地面积、四至的改变等，发证机关依照当事人申请、已变更的合同等材料或者依据已生效的裁决、判决，改变土地承包经营权证的内容。《农村土地承包经营权证管理办法》未对土地承包经营权证更正的程序予以明确，当事人申请更正土地承包经营权证，适用土地承包经营权证变更规定。