一、当事人对立案侦查的程序存在异议怎么办?

当事人对立案侦查的程序存在异议可以向上一级的司法机关提出。立案的程序：接受对立案材料的接受→审查→处理。对于符合逮捕条件的，作出批准逮捕的决定，制作批准逮捕决定书;对于不符合逮捕条件的，作出不批准逮捕的决定，制作不批准逮捕决定书。

二、逮捕批准程序

公安机关要求逮捕犯罪嫌疑人的时候，应当经县级以上公安机关负责人批准，制作提请批准逮捕书一式三份，连同案卷材料、证据，一并移送同级人民检察院审查。

检察机关在接到公安机关的报捕材料后，由审查逮捕部门指定办案人员进行审查。办案人员应当查阅案卷材料，制作阅卷笔录，提出批准或者不批准逮捕的意见，经部门负责人审核后，报请检察长批准或者决定;重大案件应当经检察委员会讨论决定。必要的时候，人民检察院可以派人参加公安机关对于重大案件的讨论。

对公安机关提请批准逮捕的犯罪嫌疑人已被拘留的，人民检察院应当在7日内作出是否批准逮捕的决定;未被拘留的，应当在接到提请批准逮捕书后的15日以内作出是否批准逮捕的决定，重大、复杂的案件不得超过20日。

检察机关经审查应当分别作出以下决定：

(1)对于符合逮捕条件的，作出批准逮捕的决定，制作批准逮捕决定书;

(2)对于不符合逮捕条件的，作出不批准逮捕的决定，制作不批准逮捕决定书，说明不批准逮捕的理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。

人民检察院办理审查逮捕案件，发现应当逮捕而公安机关未提请批准逮捕的犯罪嫌疑人的，应当建议公安机关提请批准逮捕。公安机关认为建议正确的，应当立即提请批准逮捕;认为建议不正确的，应当将不提请批准逮捕的理由通知人民检察院。如果公安机关不提请批准逮捕的理由不能成立的，人民检察院也可以直接作出逮捕决定，送达公安机关执行。

对于人民检察院批准逮捕的决定，公安机关应当立即执行，并且将执行回执在3日以内送达作出批准决定的人民检察院。如果未能执行，也应当将执行回执送达人民检察院，并写明未能执行的原因。如果公安机关发现逮捕不当，应当及时予以变更，并将变更的情况及原因在作出变更决定后3日内通知原批准逮捕的人民检察院。人民检察院认为变更不当的，应当通知作出变更决定的公安机关纠正。

对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。对于人民检察院决定不批准逮捕的，公安机关在收到不批准逮捕决定书后，应当立即释放在押的犯罪嫌疑人或者变更强制措施，并将执行回执在收到不批准逮捕决定书后的3日以内送达作出不批准逮捕决定的人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。

公安机关需要对一切接到举报的刑事案件进行侦查，并且此过程必须要按照既定的流程进行，若是案件的当事人觉得程序上存在瑕疵，是可以提出异议的，但是必须要条理清晰，并且能提交证明程序有问题的证据，否则其提出的请求不会被受理。