巨额财产来源不明罪的犯罪主体是特殊主体，即国家工作人员，是典型的身份犯。司法实践中，在本罪的认定方面还存在着这样一个问题：巨额财产来源不明罪中的财产是指国家工作人员的个人财产还是指其家庭财产?结合实践中的具体情况，一般而言，国家工作人员的涉案财产都包含在其家庭财产之中，难以清晰分开。2003年11月13日最高人民法院印发的《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》也肯定了这样的观点：应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭成员的财产、支出等一并计算，而且一并减去他们所有的合法收入以及确属与其共同生活的家庭成员个人的非法收入。但是这里只说明了非法所得的数额计算，没有指明承担刑事责任的主体。如果夫妻双方均为国家工作人员，而其家庭财产明显超过合法收入，差额巨大时，有关机关责令双方说明来源，而双方均不说明来源的，是仅认定其中一方成立本罪，还是认定双方均成立本罪?有学者认为，只要认定夫妻双方都拥有超出合法收入的巨额财产，而且夫妻双方都拒不说明财产来源，便均应认定为本罪。但该观点并没有表明此种情形是否共同犯罪。也有学者认为，巨额财产来源不明罪不存在共同犯罪。对于家庭成员是国家工作人员的情况，如果家庭成员不能说明其财产或支出与合法收入的巨大差额，其对本人罪责负责，构成巨额财产来源不明罪，而非共同犯罪。根据我国刑法关于共同犯罪的理论，构成共同犯罪必然要求共犯者有共同的故意和共同的行为。上述列举的情况中，只有在来源不明的巨额财产属家庭的共同财产这一点上体现出了共同。因巨额财产来源不明罪特殊的行为方式，对于共同故意和共同行为的认定尚存在很大困难，故而认定该情形成立共同犯罪颇为牵强。

实践中还存在另外一种情形，即夫妻中一方为国家工作人员的情况，在此种情况下，夫妻双方是否成立巨额财产来源不明罪的共同犯罪?该罪的罪状中，可以责令该国家工作人员说明来源，说明只有国家工作人员才负有说明财产来源的法定义务，则夫妻中不具国家工作人员身份的一方因不负此种义务，而无法成为刑法上巨额财产来源不明罪的共犯。司法实践中，如果不具有国家工作人员身份的一方对来源不明的巨额财产予以窝藏、转移或者对该国家工作人员作假证明包庇的，则可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪或包庇罪。