1、两者的起算时间。诉讼时效从权利被侵害之日起开时计算诉讼时效。而违约金是违约之日开始计算。对于而言，两者的起算时间是相同。

2、终点时间不同。诉讼时效期间从权利被侵害之日起计算满三年止。而办证违约金从违约之日开始计算到申请办证递交给政府部门止（在此之后的时间为行政机关办证时间，非开发商和购房人所能控制）。

3、诉讼时效对违约金的影响。如果在届满之前主张了权利，违约金之债就会受法律保护。如果在届满之前未主张了权利，违约金无能计算长达10年，还是100年，都是自然债权。

一、医疗事故中诉讼时效涉及的问题

（一）从保护受害人的利益出发，在确定诉讼时效的起算时间时，应当尽可能地不适用“应当知道”的标准进行推定，而更多地适用“知道”的标糊行认定。

（二）起算时间要考虑专业因素。许多损害发生的原因，难以为普通患者所能了解，有些药品的毒副作用所造成的损害，要经过数年时间才能清楚，因此，应当考虑除专业人员以外，其他人不易了解损害发生的原因。在这种情况下，诉讼时效的起算就有其特殊性。

（三）起算时间的确定要考虑伤害的明显程度。根据规定，人身损害赔偿的诉讼时效期间，伤害明显的，从受害之日起算；伤害当时未曾发现的，后经检查确诊并能证明是由侵害引起的，从伤势确诊之日起算。对最高人民法院的这一规定，可以从下几个方面进行具体的操作：

1、医疗损害行为侵害身体权的，行为一经实施，当事人就知道或者应当知道权利被侵害，诉讼时效期间可以开始起算。

2、医疗损害行为侵害生命权的，从受害人死亡之日起计算诉讼时效期间。

3、医疗损害行为侵害健康权的，伤害明显的，从伤害之日起计算诉讼时效期间；伤害在侵害之时不能发生的，经检查确诊伤害的，从确诊之日起算诉讼时效期间；伤害造成劳动能力丧失的，在确诊劳动能力丧失的程度时起算诉讼时效期间。

（四）合理考虑时效中断的事由。在司法实践中，患者就自己的病情向加害方进行咨询、向有关部门写信要求解决、向医疗事故鉴定委员会申请鉴定等，均可以认定为诉讼时效的中断事由。另外，虽然患者知道了权利被侵害的事实，但是如果患者因受到侵害而住院治疗，提起诉讼或者主张有困难的，也可以有考虑诉讼时效的中止。

（五）将诉讼时效完成的举证责任分配给加害一方当事人。加害人是医疗机构，具有专业知识，其对患者伤情发生等情况在举证能力上强于患者，患者一般难以确切得知，所以为了保护受害人，应当将证明诉讼时效已经届满的举证责任分配给加害人。

二、有效合同与无效合同的诉讼时效怎么计算

有效合同通常以合同约定的履行期限届满时开始计算诉讼时效，但无效合同因原约定的履行期限无效而致使诉讼时效的起算在实践中存在很大争议。对此，主要有四种观点：第一种观点认为，无效合同应从合同签订之日起计算诉讼时效，因为当事人在签订合同时就应当知道合同违反了法律规定，应当知道自己的权利受到侵害;第二种观点认为，无效合同应从该合同被确认无效之日起计算诉讼时效，该合同被确认无效之前，权利人并不知道合同无效和权利受到侵害的事实;第三种观点认为，无效合同应从该合同原约定的履行期限届满时开始计算诉讼时效;第四种观点认为，无效合同应从权利人起诉之日起计算诉讼时效。