一、司法鉴定部门由谁管理

司法鉴定由司法局主管，司法鉴定部门实施。司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。或者说，司法鉴定是指在诉讼过程中，对案件中的专门性问题，由司法机关或当事人委托法定鉴定单位，运用专业知识和技术，依照法定程序作出鉴别和判断的一种活动。

二、司法机关内部鉴定机构的设置及职责

1、司法鉴定它既不是国家机关，也不是事业单位，虽然属于企业化管理但还是是真正的企业；虽然多为司法机关或司法行政机关设立或接受某一司法机关的管理，但它还不是司法机关或隶属管理的机关。它的属性近乎于会计师事务所、律师事务所、各类评估所、国土资源调查测量队等单位的性，属于其它类单位，或者称之为具有中立性、独立性、客观公正性的社会鉴定中间机构。

2、司法鉴定结论，是证据的一种。证据是用来证明事实的，那么，有“证明事实”的法定义务的人，有提供证据的义务。依据我国三大诉讼和仲裁、行政处罚法的有关规定，分析司法机关内部鉴定机构的设置：

(1)在刑事诉讼案件中，侦查机关和起诉机关有证明犯罪的法定义务，为了工作需要，可以设置内部司法鉴定机构。而人民法院是审判机关，我国实行的是控辩式诉讼，人民法院没有证明义务，所以它没有必要设置内部司法鉴定机构。

(2)在民事、行政诉讼中，依据我国诉讼法的有关规定，均实行当事人举证制度，人民法院没有证明义务，所以，它没有必要设立内部司法鉴定机构。

(3)在行政机关处罚的案件中，由于行政机关对其行政行为的合法性负有证明责任，所以，它可以设立内部司法鉴定机构。

(4)在仲裁程序中，与人民法院的民事案件相同。以上可以设立内部司法鉴定机构的单位，其鉴定机构的性质仍属该单位的一个职能部门，行使法律和行政法授予的侦查、起诉权或行政管理权。他们在行使职权时，是为了证明犯罪或违法的需要，是代表国家的行为。该行为是为公行为，无需当事人的申请，也无需当事人承担费用。这是与面向社会服务的司法鉴定机构本质的区别。

三、司法鉴定设立的规定

人民法院不应设立司法鉴定机构，包括内部和面向社会服务的机构。

1、从三大诉讼的法律规定来看，人民法院在审判程序中所处的位置是居中裁判，他没有证明责任，所以，人民法院内部机构中，不需要设立司法鉴定机构。

2、由于法院所处的裁判位置，也不应当进行面向社会服务的司法鉴定活动。因为，司法鉴定活动的结果是产生诉讼证据，而人民法院本身又是证据的认证者。那么，做为裁判的法官，面对出具证据的法院司法鉴定机构，他能怎么办呢？只能是采信。由此失去了制约，必定产生腐败。

3、人民法院司法鉴定机构的设置是历史的产物。20世纪八十年代，在旧的纠问式刑事诉讼审判方式下，由于面向社会服务的司法鉴定机构非常少，人民法院为了保证案件质量，成立了法医机构，后来逐步发展到全面的司法鉴定活动。这在当时，确实起到了一定的积极作用。但是，随着诉讼制度的改革，随着面向社会服务的司法鉴定机构的建立、健全，随着各专项司法鉴定机构的完善，人民法院内部司法鉴定机构已失去合理、合法存在的内核，它的使命已经结束。

4、关于最高人民法院文件的性质。最高人民法院下发的《人民法院司法鉴鉴定工作暂行规定》，不是司法解释，而是法院内部管理制度。与其他行业、单位的管理制度的性质是相同的，对外没有法律效力，如与有关法律、法规相冲突是无效的。该规定第4条“凡需要进行司法鉴定的案件，应当由人民法院司法鉴定机构鉴定，或者由人民法院司法鉴定机构统一对外委托鉴定”。

属于绝对中立、客观的企业。另一种情况是在法院的内部设置鉴定部门，虽然更加方便，少了让鉴定企业提供资质证明的麻烦，但是这种情况不够合理已经被废除了。当事人可以在诉讼中申请选择一个公正有资质的鉴定机构进行鉴定。