《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税〔2008〕159号)规定：

第二条：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。

第三条：合伙企业生产经营所得和其他所得采取先分后税的原则。这与合伙企业法的规定由合伙人分别缴纳所得税是一致的，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。

一、合伙企业转让股权所得税如何缴纳？

《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》(国税发〔2011〕50号)规定：对个人独资企业和合伙企业从事股权(票)、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。

《财政部国家税务总局关于印发的通知》(财税〔2000〕91号)规定：第四条

个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。

按照上述文件的规定可以判定，合伙企业的股权转让所得属于合伙企业的生产经营所得，依据合伙企业生产经营所得采取先分后税的原则，对于个人投资人，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税；对于法人企业投资者，应当按适用税率缴纳企业所得税。

一些地方为了鼓励股权投资类合伙企业，关于合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，对不执行合伙事务的个人合伙人，按财产转让所得征收20%的个人所得税，对执行合伙事务的个人合伙人，则比照个体工商户的生产经营所得，征收5%至35%的累计所得税。例如：《上海市金融办、上海工商局、国税局、地税局关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》(沪金融办通[2008]3号)规定：执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按利息、股息、红利所得应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。也有部分地方对股权投资类合伙企业自然人合伙人统一按20%的税率征收个人所得税。例如：北京市《关于促进股权投资基金业发展的意见》(京金融办〔2009〕5号)规定：合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照利息、股息、红利所得或者财产转让所得项目征收个人所得税，税率为20%。

而随着《国务院关于清理规范税收等优惠政策的通知》(国发〔2014〕62号)的下发，这些不规范的税收优惠将逐步得到清理，国发〔2014〕62号要求各地全面清理已有的各类税收等优惠政策，同时指出：未经国务院批准，各部门起草其他法律、法规、规章、发展规划和区域政策都不得规定具体税收优惠政策。