补充协议的性质是从合同，适用于对主合同中没有约定的内容，可以通过“协议补充”使其变成有约定；对于主合同中约定不明确的内容，可以通过“协议补充”使其变成约定明确。补充协议必须以已经存在的合同的存在为前提，自身不能独立存在。

一、合同效力和协议效力

1、合同和协议仅是两种不同的名称而已，只要是有权代表签字盖章就生效了，他们本身没有区别。就你的具体事项而言，就同一事项后签署的合同生效的同时原来的协议就失效了，但是不排除原协议约定在后面的合同签署存在重大瑕疵或没有约定明确部分事项时还是可以生效或部分生效！

2、如果后面的协议是一个补充协议，内容写得比较明确、具体、详细、齐全，并涉及到违约责任，效力于合同是相同补充合同=补充协议，两者没有本质区别；补充合同更加的是对主合同的完善和细化，而非变更主合同内容，当然补充合同是可以做为变更主合同的手段。

二、合同附加条款有效吗

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准。

签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个信息：

1、双方当事人的基本信息需全面具体；

2、说明拟定补充协议的原因；

3、协议补充的内容或变更的内容。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

三、哪些情况下可以签补充合同

1、约定不明、遗漏变更的情况下可以签补充合同。

2、补充合同是对合同履行过程中出现的细节问题进行补充约定，签订时需要明确主合同的正文内容或将主合同作为附件。

3、法律依据：《民法典》

第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。

第五百四十四条，当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。