（一）案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。

（二）犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大，案件一经起诉人民法院必须依法进行审判，除公诉机关认为所指控的事实不清，证据不足，不能对被告人定罪和处以刑罚申请撤回起诉，人民法院准许撤回起诉外，人民法院必须依据审理中查明的事实和证据，依法作出有罪或无罪判决。而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小，因而，自诉人在判决宣告前可以同被告人自行和解或撤回自诉，对告诉才处理和有证据证明的轻微刑事案件，可以进行调解。（三）审查程序不同。与庭审方式改革相适应，现行刑事诉讼法弱化了公诉案件进行庭前审查的实体内容，基本上实行程序性审查，即审查只要符合“起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或照片的”，人民法院就应当决定开庭审判，审查的主体是负责该案审理的审判组织成员；而自诉案件则应经二次审查，第一次是立案前的程序审查，审查是否符合立案标准，根据立、审分立的原则，审查的主体应是专门审查立案的人员。第二次审查是开庭前的实体审查，审查是否符合“犯罪事实清楚，有足够证据”这一开庭审理的必备条件，符合开庭审理条件的应转到开庭审理程序，不符合开庭审理条件的，应说服自诉人撤回自诉或裁定驳回起诉，审查的主体是负责该案审理的审判组织人员。

（四）当事人的诉讼权利不完全相同。1、自诉案件的被告人及其法定代理人在诉讼过程中有权提起反诉；而公诉案件的被告人及其法定代理人虽然有权对司法人员侵犯其诉讼权利提出控告，但绝不能就案件事实本身对司法人员提出反诉；2、自诉案件的被害人作为自诉人如果对地方各级人民法院第一审判决或裁决不服的，有权在法定上诉期内按照法定程序向上一级人民法院提出上诉，享有独立的上诉权；而公诉案件的被害人没有独立的上诉权，无权对地方各级人民法院第一审判决或裁定提出上诉，只能自收到判决书五日以内，请求人民检察院在法定期限内按照法定程序提起抗诉。

（五）当事人的诉讼地位不同。自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关（人民检察院）居原告地位，被害人则处于证人地位。（六）当事人行使诉讼权利的时间不同。应该讲，绝大多数的公诉案件其实都是不能由受害者直接起诉的，特别是对于那些应该立案侦查，但公安机关和人民检察院这两大司法部门却都不立案的情况，除非确有证据证明，公安机关和人民检察院的决定是错误的，不然的话，有可能确实是不构成犯罪。

自诉案件转公诉的法律依据

我国刑诉法第一百七十一条第一款规定：

1、犯罪事实清楚、有足够证据的案件，应当开庭审判。

2、缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。

由于自诉人举证能力受限，大多自诉案件均被裁定驳回。

此外，自诉案件中有些案件自诉人并不能垄断起诉权，国家专门机关不用征得其同意可行使公诉权。并且自诉人的权力在某些案件中并不能任意行使，例如上述所列被害人有证据证明的八种轻微刑事案件中的重婚案件，自诉人在诉讼中不能调解、和解或撤诉，其所侵害的直接客体不仅仅局限于个人权益，往往会涉及到整个社会、家庭，所以法律才赋予国家有关机关及时干预的权利，但现实中除了轻伤害案件自诉较多外，其他类型的案件鲜有自诉的，究其原因，自诉人举证困难是很大障碍，故被害人往往怕麻烦不了了之？或虽报案但被公安机关以自诉案件为由而拒绝立案。因此，法律的这项规定并没有充分体现其立法本意，所以，笔者认为自诉人自诉权不完整的案件应一律改为公诉，由国家机关行使诉权，加强对轻微刑事犯罪的打击力度，同时也能提高司法效率。

三、刑事自诉案件可分为三类

第一类，告诉才处理的案件；

第二类，人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微刑事案件；

第三类，被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院已经作出不予追究的书面决定的案件。即所谓的公诉转自诉案件。

其中，根据《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大常委会法制工作委员会关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第四条第一款，被害人有证据证明的轻微刑事案件有八种案件。第四条第二款规定：上述所列八项案件中？被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理，对于其中证据不足、可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理。由此规定可以看出，在一定条件下，这八种轻微刑事案件既可自诉，也可公诉。

《最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释》

第一百八十一条人民法院对提起公诉的案件审查后，应当按照下列情形分别处理：（一）属于告诉才处理的案件，应当退回人民检察院，并告知被害人有权提起自诉；（二）不属于本院管辖或者被告人不在案的，应当退回人民检察院；（三）不符合前条第二项至第八项规定之一，需要补充材料的，应当通知人民检察院在三日内补送；（四）依照刑事诉讼法第一百九十五条第三项规定宣告被告人无罪后，人民检察院根据新的事实、证据重新起诉的，应当依法受理；（五）依照本解释第二百四十二条规定裁定准许撤诉的案件，没有新的事实、证据，重新起诉的，应当退回人民检察院；（六）符合刑事诉讼法第十五条第二项至第六项规定情形的，应当裁定终止审理或者退回人民检察院；（七）被告人真实身份不明，但符合刑事诉讼法第一百五十八条第二款规定的，应当依法受理。对公诉案件是否受理，应当在七日内审查完毕。