根据专家估计，每个正常人身上可能携带有几个甚至十几个有害的隐性等位基因，近亲通婚会使得这些隐性等位基因有更多的相遇机会，并且产生遗传上的异常。人类的核基因组一半来自父亲，一半来自母亲，在近亲通婚的情况下，两个相同有问题的基因结合到一起的机会远远大于非近亲通婚的人。近亲通婚的风险到底有多大?让我们从以下婚配模式来计算：如果在一级表亲和二级表亲之间有一级隔代表亲和一级隔山表亲通婚，则近亲指数就是1/32，其他类型依次类推。假设一种遗传病在人群中的比例是1/1000：非近亲通婚的后代患病风险为1/1000000(百万分之一);二级表亲通婚后代患病风险为1/128000一级表亲通婚后代患病风险为1/32000同胞通婚的后代患病风险为1/8000与非近亲结婚相比，二级近亲的风险增大8倍;一级近亲的风险增大31倍;同胞通婚的风险率则是正常随机婚配的125倍。如果按照专家的提示，每个人可能携带有几个甚至10几个隐性的有害基因的话，近亲通婚后代患病的风险还会更高。

比如糖原储积症这一常染色体隐性遗传病，它的可能类型很多，其基因由17个以上的外显子构成，不同外显子发生突变的人结婚后代不会产生异常，而两个完全相同的外显子的配对，通常是产生于近亲通婚。有人说不同民族之间通婚会增加癌症的发病率，这是完全没有科学根据的。现代人类没有生殖隔离，也没有种之分，白人、黑人和黄种人都是血缘关系十分相近的同种。用谁都能看得懂的例子来说，一个黑人和一个白人之间的分子上的差异，可能比一个北京人和一个上海人之间的遗传差异还小。这就是遗传学上所定义的族内个体之间的差异可能大于族间个体的差异。此外，高血压、精神分裂症、先天性心脏病、无脑儿、癫痫等多基因遗传病，在近亲结婚所生子女的发病率也明显高于非近亲结婚。为此，许多国家通过法律禁止近亲结婚。中国民法典第一千零四十七条规定：“直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。”直系血亲指父母与子女，祖父母与孙子女，外祖父母与外孙子女之间的关系。三代以内的旁系血亲包括同胞、叔(伯、姑)与侄(女)、舅(姨)与外甥(女)之间的关系。据调查，近亲结婚率，城市约为0.7%，农村1.2%，某些山区农村、海岛由于交通不发达，近亲婚配更高，因而遗传性疾病就较多。