一、办案过程中存在诸多问题：

1、犯罪嫌疑人数地作案，取证点多线长，作案次数特别多，久查不清。

2、犯罪嫌疑人明确，但证据不足，难以结案。有的案件中犯罪嫌疑人很容易确定，但调查收集证据困难，阻碍了案件的侦查终结，客观上也就使犯罪嫌疑人羁押期限超出法律规定的范围。

3、疑难案件向上级请示未能及时地得到答复。遇到疑难案件，一般都须向上级领导请示。但实际中有些疑难案件各方原因错综复杂，牵涉面较多，上级领导未必能及时地作出答复。这样案件在诉讼过程中必然受阻，造成超期羁押现象的发生。

4、同案犯在逃，在押犯的犯罪事实不清，影响结案。

5、办案经费不足，影响证据的及时调取，从而无法结案。而有的案件因办案经费不足，致使证据无法及时得以固定和收集，有的证据甚至因此而灭失。

二、在羁押程序上未严格监督执行：

1、未能严格按照法律规定的条件拘捕犯罪嫌疑人。有的案件对犯罪嫌疑人采取强制措施时，为了办案的方便，没有严格按照法律规定的条件进行拘捕，这样从总体上增加了在押犯的人数，客观上造成超期羁押发生机率的提高。

2、对犯罪嫌疑人羁押期限重视不够。在实际案件的办理当中，案件承办人对犯罪嫌疑人羁押期限往往不太重视，他们更多地是比较重视如何打击惩罚犯罪，如何收集证据证明犯罪嫌疑人的犯罪行为，对犯罪嫌疑人应当采取何种强制措施，对犯罪嫌疑人的犯罪行为应当如何定罪量刑，而对犯罪嫌疑人受羁押期限是否超期往往没有给以足够的关注，普遍认为这不是什么大问题，不是法律所不能容忍的。这样就造成了超期羁押的突出存在。

3、对办案期限的法律规定之执行缺乏有效的监督手段和制约机制。法律对侦查、审查起诉、审判各个阶段的办案期限都有明确的规定，这是保证诉讼程序畅通的重要条件之一，但在司法实践中，办案人员对执行办案期限的严格性和自觉性还有待提高，从而为超期羁押现象的产生带来了间接的推动作用。造成此种现象的原因在于对于执行办案期限规定缺乏有效的监督手段和制约机制。目前所能采取的措施仅限于司法意见和建议，没有完备的制约手段，这样就使得办案人员容易产生＂宁超不放＂的思想，促使了超期羁押现象的繁殖。

三、错误的执法观念导致超期羁押问题被忽视：

1、重实体、轻程序的思想虽有所改进，但仍然存在。

在司法实践中，办案人员普遍较为关注实体法，对犯罪嫌疑人从侦查到审判的整个诉讼过程中所涉及的实体问题较为重视，尤其是在定罪量刑上，办案人员一般都尽量避免错案现象发生。而超期羁押这一程序性的问题普遍不受重视，办案人员一般认为，犯罪嫌疑人多关押几天不算什么问题，最终羁押期限还可折抵宣判刑期。这样，超期羁押现象的产生就有了较为肥沃的土壤。

2、一些错误的执法观念还在影响着人们，使得办案人员只重视打击惩罚犯罪，而忽视了保护犯罪嫌疑人的合法权利。

法律缺乏完备的保护犯罪嫌疑人权利的规定，造成被侵犯者无适当的救济途径，同时，执法人员侵犯犯罪嫌疑人合法权利也往往得不到实质性的处理。在这种条件下，超期羁押这种侵犯犯罪嫌疑人合法权利的现象就必然不会受到足够的关注。