一、存疑不起诉后侦查机关怎么办?

存疑不起诉后侦查机关需要继续侦查该案件。检察机关行驶国家检察权的重要形式，具有相当的社会影响，为防止检察机关对此权利的滥用，必须对此进行监督。在刑事诉讼法律规范中对人民检察院的不起诉决定的监督方式主要有被害人和被不起诉人的监督、侦查机关的监督、上级检察机关监督、和本级检察机关自行监督。

二、存疑不起诉的条件是什么

(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;

(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。

三、“存疑不起诉”的刑事赔偿

人民检察院在审核相应的证据后，发现证据不足，可以退回侦查机关补充侦查，对于经过补充侦查的案件，检察机关仍然认为证据不足的，可以以案件存有疑点不予起诉。

根据最高法的规定：对于经检察机关作出存疑不起诉的决定的，应视为对案件作出的无罪的决定，按照法律规定，应予赔偿。

如果经过检察机关作出存疑不起诉的决定，被不起诉人已经获得国家赔偿的，但后来检察机关又发现新证据可以起诉，并且经法院认定为有罪，人民法院赔偿委员会应该撤销原决定，要求被不起诉人返还赔偿金。

存疑不起诉的行为一般都会发生在检察院审查刑事案件的过程中，虽然对于那些来自于公安机关侦查过后的那件，都已经是掌握了一定的他人犯罪的证据的，但是这些证据却不能保证能量刑，故此就不得起诉，否则是很有可能导致冤假错案的发生的。