软件著作权的认定方式：

1、无特殊情况的，软件著作权属于软件开发者；

2、合作开发的软件，其软件著作权的归属由合作开发者约定；

3、委托开发的软件，其软件著作权的归属由委托人与受托人约定，无书面约定的，由受托人享有。

软件著作权的保护内容

根据我国目前的法律和法规，保护有以下主要内容：

第一是对软件著作权主题进行保护．

软件是受法律保护的软件著作权主体，主要包括依法享有软件著作权的公民、法人或者其他组织．

一般情况下，软件著作权属于软件开发者，法律另有规定的除外。软件著作权属于软件开发者，这是确定软件的一般性原则。软件开发者包括独立开发者、合作开发者、受委托开发者和由国家机关下达任务开发者四种类型。后三种的著作权归属都需正式签订书面合同约定．

根据法律规定，依靠继承、受让、承受等方式获得著作权的也可以成为软件著作权人，同样受到法律保护．

第二是对软件著作权的客体进行保护．

计算机程序（包括源程序和目标程序）及其有关文档（如程序设计说明书、流程图、用户手册等）是软件著作权的客体，依法受到保护．

第三是对软件著作权人享有的权利进行保护．

软件著作权人享有以下权利：

发表权，即决定软件是否公之于众的权利；

署名权，即表明开发者身份，在软件上署名的权利；

修改权，即对软件进行增补、删节，或改变指令、语句顺序的权利；

复制权，即将软件制作一份或者多份的权利；

发行权，即以出售或赠与方式向公众提供软件原件或复制件的权利；

出租权，即有偿许可他人临时使用软件的权利，但是软件不是出租的主要标的的除外；

信息网络传播权，即以有线或者无线方式向公众提供软件，使公众可以在其个人选定的时间和地点获得软件的权利；

翻译权，即将原软件从一种自然语言文字转换成另一种自然语言文字的权利；

软件著作权人可以许可他人行使其软件著作权，并有权获得报酬。

软件著作权人可全部或者部分转让其软件著作权，并有权获得报酬。

软件著作权人享有的权利自软件开发完成之日起产生。

自然人著作权的保护期为终生及其死亡后50年，截止于死亡后第50年的12月31日；

法人或其他组织著作权的保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日．

第四是对软件的合法复制品所有人的权利给予保护．

软件的合法复制品所有人是指通过合法途径取得合法的软件复制品的人，简言之，通过正规渠道得到正版软件者．他们依法享有以下权利：

1、根据使用的需要把软件装入计算机等具有信息处理能力的装置内；

2、为了防止复制品损坏而制作备份复制品，但这些复制品只是供自己使用而不得提供他人使用；

3、为了把软件用于实际的计算机应用环境或者改进其功能性能而进行必要的修改，但这种修改后的软件只能自己使用而不能向第三方提供．

第五是对软件著作权转有许可合同使用者和受让者给予保护．

《计算机软件保护条例》规定软件著作权可以全部或者部分转让，也可以就某些权利进行专有许可使用．经转让或专有许可而获得软件著作权者依法受到保护．

需要注意的是，转让或许可使用著作权一定要订立书面合同，而且要履行登记手续。

《计算机软件保护条例》第九条

软件著作权属于软件开发者，本条例另有规定的除外。

如无相反证明，在软件上署名的自然人、法人或者其他组织为开发者。

第十条

由两个以上的自然人、法人或者其他组织合作开发的软件，其著作权的归属由合作开发者签订书面合同约定。无书面合同或者合同未作明确约定，合作开发的软件可以分割使用的，开发者对各自开发的部分可以单独享有著作权；但是，行使著作权时，不得扩展到合作开发的软件整体的著作权。合作开发的软件不能分割使用的，其著作权由各合作开发者共同享有，通过协商一致行使；不能协商一致，又无正当理由的，任何一方不得阻止他方行使除转让权以外的其他权利，但是所得收益应当合理分配给所有合作开发者。