南京市技术合同备案流程具体可以归纳为以下几点：

其一、先申请用户密码(需要去技术市场登记处办理，同时需要带上公司执照复印件、申请表)

其二、网上申报，填写相关的信息内容

1、进入系统后，进行在线填写相关的信息。

2、提交：可以在线选择离自己近的登记机构。

其三、材料报送

1、技术开发合同备案：准备技术开发合同2份(可一份原件、一份复印件)、技术方案1份；

2、技术服务合同：准备技术服务合同2份(可一份原件、一份复印件)；

3、技术转让合同：准备技术转让合同2份(可一份原件、一份复印件)、著作权复印件1份。

其四、备案成功

其五、核定收入

1、填写核对收入表格，按照要求填写

2、提供发票复印件及原件

3、带上公章、财务章、法人人名章(现场需要盖章)

一、申请技术合同认定登记的基本要求

(1)遵守法律、法规、诚实信用原则。当事人申请认定登记应以国家有关法律、法规和政策为准绳，遵循诚实信用的原则，如实反映技术交易的实际情况。如果当事人在合同文本中作虚假表示，骗取技术合同登记证明的，应当对其后果承担责任。

(2)地域一次登记制。技术合同认定登记中实行按地域一次登记制度。技术开发的研究开发人、技术转让合同的让与人、技术咨询和技术服务合同的受托人，应当在合同成立后向所在地区的技术合同登记机构提出认定登记申请。

(3)提供书面合同文本。当事人申请技术合同认定登记，应提交完整的书面合同文本和相关附件。采用口头形式订立技术合同的，技术合同登记机构将不予受理。

(4)合同文本表述规范。申请认定登记的技术合同应使用规范名称，完整准确地表达合同内容，避免名称和内容在认定合同性质时引起混乱。

二、申请技术合同认定登记应提交的材料

(一)完整的书面合同文本和有关附件。

合同文本可以采用国家科学技术委员会监制的技术合同示范文本。

(二)有关机关批准的文件和证照

1.列入国家计划或者省；自治区、直辖市计划的重要科技项目订立的合同，应提交国务院主管部门或省、自治区、直辖市主管机关批准的文件；

2.内容涉及国家安全或者至重大利益需要保密的技术合同，应提交由核密级的机关批准的文件；

3.全民所有制单位转让专利权，专利申请权的合同，应提交其上级主管机关批准的文件；

4.涉及易燃、易爆、高压、高空、剧毒、建筑、医药、卫生、放射性等高度危险或者涉及人身安全和社会公共利益项目的合同，应提交有关管理机关的批准文件或证照。

(三)个人就非专利技术转让订立的合同，应提交所在单位或者有关单位确认非职务技术成果的证明。

(四)委托代理人订立的合同申请认定登记，应提交委托书复印件。