从实践和理论两方面来看，笔者认为，现行法律对管辖权的规定仍存在着以下冲突和不完善之处，亟待解决：

■部门管辖划分标准不一导致冲突

根据刑事诉讼法总则第四条、第十八条规定，危害国家安全的刑事案件由国家安全机关立案侦查，普通刑事案件由公安机关立案侦查，贪污贿赂案件、渎职案件、部分侵权案件由人民检察院立案侦查，自诉案件由人民法院直接受理。上述管辖权的划分是以案件性质为标准的。而附则第二百二十五条规定军队内部发生的刑事案件、罪犯在监狱内又犯罪的案件分别由军队保卫部门和监狱侦查，则基本是以案发地或者说犯罪发生地为标准划分军队保卫部门和监狱的管辖权。总则和附则采用两种划分标准来划分管辖权，又无衔接性补充说明，从而导致管辖冲突的产生和司法实践中的无所适从。

例如，在狱内服刑的民族分裂分子等罪犯实施的煽动分裂国家案、煽动颠覆国家政权案、罪犯行贿介绍贿赂案等，究竟应按照刑事诉讼法总则之规定由国家安全机关、人民检察院管辖，还是应以附则之规定由监狱管辖，刑事诉讼法并未给予明确回答。军队内部发生的类似案件亦是如此。这些问题都需要尽快加以解决。

■狱内自诉案件管辖争议颇费思量

刑事诉讼法第十八条规定，自诉案件由人民法院直接受理。但狱内发生的某些自诉案件是由人民法院直接受理，还是由监狱立案侦查，法律规定并不明确。例如，对罪犯在狱内实施的尚未严重危害社会秩序和国家利益的侮辱案、诽谤案、故意轻伤害案等，监狱有些人士认为，这类案件既然发生在监狱，就对监管秩序造成了破坏，理应由监狱查办，而且这也符合刑事诉讼法第二百二十五条的规定。

笔者认为，上述案件虽然发生在狱内，但本质上仍属于自诉案件，刑事诉讼法并未否定罪犯作为被害人亦可成为自诉人。虽然此类案件的被害人并无行动自由，但其仍依法享有包括自诉权在内的各项诉讼权利和其他权利。监狱法规定罪犯的辩护、申诉、控告、检举以及其他未被剥夺或限制的权利不受侵犯，即说明了这一点。监狱也有义务保障罪犯依法行使、处分上述各项权利。

另外，根据刑事诉讼法第八十八条、刑法第九十八条以及最高人民法院有关司法解释的规定，被害人无法告诉的，其法定代理人、近亲属等可以代为告诉。因此，罪犯作为被害人行使自诉权并无实质障碍，监狱没有必要越俎代庖，特别是在加害、被害人双方愿意和解、调解甚至已达成谅解的情况下，而动用刑事侦查权予以干涉。

■实体法和程序法规定不一致造成管辖疏漏

对于自诉案件的被害人因某些原因无法告诉时何人可代为告诉的问题，刑法、刑事诉讼法以及有关司法解释的规定不尽一致。刑法第九十八条规定?被害人因受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。刑事诉讼法第八十八条规定?被害人死亡或者丧失行为能力的，被害人的法定代理人、近亲属有权向法院起诉。最高人民法院1998年颁布并施行的关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第一百八十七条对前者基本兼收并蓄，还增加了被害人由于年老、患病、盲、聋、哑等原因不能亲自告诉，其法定代理人、近亲属可代为告诉的情形。刑事诉讼法和最高人民法院司法解释的修订、制定晚于刑法，但均对刑法第九十八条规定的检察院也可以代为告诉的情形不予重申，原因不得而知。笔者认为，有的自诉案件的被害人无亲无故，且受到强制、威吓无法告诉，如不赋予或是强调检察院告诉权，其更加处于孤立无援的弱势地位，合法权益难以得到保障。这类情形虽然较少见，但从立法应科学严谨、协调一致的角度来说，刑法作此规定并非多余，刑事诉讼法和高法解释也应秉承之。

■缺少解决管辖冲突的统一协调机制

为了解决管辖不明、管辖争议等问题，刑事诉讼法第二十六条规定了指定管辖，并在第二十三条、二十四条、二十五条对级别管辖、地区管辖、移送管辖作了变通性规定。但是笔者认为这仍不足以有效解决实践中发生或可能发生的包括前文列举出的管辖冲突问题。一方面，刑事诉讼法第八条规定的人民检察院对刑事诉讼的法律监督权未在管辖活动中体现。另一方面，刑事诉讼法将指定管辖、级别管辖、地区管辖的最终决定权赋予法院，旨在确定管辖、解决管辖冲突，但这似有让法院既当运动员又当裁判员之嫌。因为法院本身就是管辖权的分享者，也可能置身于管辖冲突之中，其决定管辖后未必就不会引起争议，因此不应由其兼任裁判员之责，至少对其裁判权要有所限制。

笔者建议，可在刑事诉讼法中规定解决管辖冲突的双轨制并明确解决时限和检察监督权，包括：自决制，即对公、检、法等系统各自内部发生的管辖冲突由争议各方自争议之日起5日内协商确定管辖，协商不成的3日内报请各方共同的上级机关在5日内指定管辖。他决制，即跨公、检、法等系统发生的管辖冲突由争议各方中级别较高一方报请同级人大常委会在5日内指定管辖，级别较高方为两方以上且不在同一行政区域的报请共同的上级人大常委会在5日内指定管辖。同时规定，争议各方应将争议及解决情况及时抄送同级检察院。