出资各方即使知识产权权属不存在争议，也同样面临者对技术拥有方转让知识产权的制约问题，因为这关系到资金出资方的风险利益，不当的流转或者交易，将可能不利于知识产权价值的维护和利用。

控股一家企业对控股方来讲，不仅具有可以并表核算的会计意义更具有能掌握经营管理主动权的控制意义。真正控股一家企业，除了控股方投资比例占绝对优势外，还必须由控股方担任董事长，另外还有委派总经理、财务总监的提名权。这样，就能更有效地贯彻实行企业董事会的决议和管理理念。对于投资控股一家高新技术企业，更深一层的意义还在于控股股东能真正掌握所投资的那项高新技术，防止高新技术被移花接木，偷梁换柱，给投资方造成巨大的投资损失。

因此，在合作协议中，当事人如忽略或轻视技术成果的权属问题，或者约定含混、不明，容易导致争议发生，尤其是对技术开发方而言，造成知识产权保护的重大障碍。这种隐患将可能导致技术成果的组成部分被不正当的利用、泄露，或完整性缺失。

防止高新技术被擅自转让，在投资合作协议或公司章程中可考虑采取如下措施：

1、明确约定知识产权归公司所有

在组建高新技术企业的协议中列明高新技术投入前与投入后的所有权，并列入投资各方关于所投的高新技术的保证与承诺，以法律来约束投资各方处理高新技术成果的行为，而且只有知识产权出资在办理转让手续手续后，才真正能够属于企业所有和控制。

相应的可在公司章程中列入投资“各方声明条款”:与该项高新技术有关的专有技术(包括但不限于特定的生产流程、工艺及其他依据法律和惯例应当被合理地视为专有技术组成的技术秘密)的所有权属于组建的公司独家所有，各方承诺在任何时候、任何场合均不会提出相反意见”，并不得以个人名义转让。

2、明确约定各方具有知识产权保密义务

限制各方对相关知识产权资料、技术秘密的使用和保密，如果不限定保密义务，不采取相应的保密措施，将会导致各方可能发生任意使用、转让或泄露的风险。

如果该高新技术被非法泄露，将严重影响到所设企业的商业存在价值和风险投资人的风险利益，因此，可考虑在高新技术企业的合同章程中列入有关高新技术的保密义务和泄密处罚条款，并通过制定完善的企业商业秘密制度防止商业秘密的泄露。

3、通过技术员工股权激励的方式保护知识产权

在股东利益的驱动下，科技人员带技术入股不仅有利于高新技术的运用，还有利于高新技术专利权的保护，同时使高新技术的后继发展也有了保障。

综上所述，在知识产权出资中，高新技术企业主要面临来自知识产权范围认识不全面、知识产权权利瑕疵、知识产权评估不实、知识产权有效期限制、知识产权转移等方面的诸多法律风险。