一般而言，企业股份合作制改造一般遵循如下程序：

一、拟定改制方案。

企业进行股份合作制改造，应当拟定初步改制的方案。改制方案应当对改制采取的形式进行初步的预定。企业应当根据企业的实际情况，拟定采取职工买断式股份合作制改造、企业与职工共建式股份合作制改造，或者是增资扩股式股份合作制改造。

二、取得职工代表大会同意。

企业实施股份合作制改造，应当取得职工代表大会的同意。对于国有小型企业的股份合作制改造，没有取得职工代表大会同意进行股份合作制改造的，应当根据案件的具体情况，对改制行为的效力进行综合判定(买断式企业股份合作制改造不存在此情形)。对于集体企业的股份合作制改造，必须取得职工代表大会的同意，否则改制行为无效。

三、取得出资人和上级主管部门的同意。

对于国有小型企业和须经审批程序的集体企业的股份合作制改造，要取得出资人的同意，未经出资人和上级主管部门同意的，企业不得进行股份合作制改造。对于直接设立股份合作制企业的，则没有上述要求。

四、政府指定部门审批。

企业股份合作制改造必须经过政府指定部门审批，未经指定部门审批的，不得进行改制。对于直接设立股份合作制企业的，则没有上述要求。

五、清产核资和财务审计。

企业清产核资按照国家有关的规定进行，同时应当有职工出资人和职工代表参加。

一般而言，集体企业应当按照有关规定实施清产核资工作，国有其清产核资工作应当按照《关于规范国有企业改制工作的意见》进行。清产核资工作要求改制企业必须对企业的各类资产、负债进行全面清查，做到账、卡、物、现今等齐全、准确、一致。要按照“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，核实和界定产权。对于集体企业的清产核资，要防止属于国有资产部分财产的流失；对于国有企业，还要实施财务审计工作，企业经股份合作制改造成为非国有企业的，必须按照国家有关规定对企业的法定代表人进行离任审计。

六、产权界定和资产评估。

企业采取股份合作制改造形式进行改制的，必须按照《国有资产评估管理办法》和《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》的规定，实施产权界定和资产评估，以防止国有资产流失。