变造股票债券罪有以下惩罚：

1、犯变造股票债券罪的，一般处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处1－10万元罚金；

2、变造股票债券的数额巨大的，处3－10年有期徒刑，并处2－20万元罚金；

3、单位犯本罪则对其处罚金，并对其直接责任人员惩处本罪个人犯相应的刑罚。

变造股票债券罪的认定

（一）区分本罪的既遂与未遂

本罪主观方面虽然具有牟取非法利益的目的，但其既遂的标准不是以目的是否实现为标准的。行为人只要出于故意实施了伪造、变造股票或公司、企业债券的行为，一达到数额较大，即构成本罪既遂，其目的是否实现则没有影响。行为人出于故意实施伪造、变造行为，但由于意志以外的原因尚未完成，只要能查明其足以达到数额巨大的标准，则就可构成本罪未遂。

（二）本罪与伪造、变造国家有价证券罪的界限

两者在主观方面、客观行为方式、主体、客体都相一致，所不同的则是对象不同。本罪的对象虽然亦为有价证券，但其属于公司、企业依法发行的一种有价证券；而后罪的对象则是国家发行的有价证券，其危害性比本罪更大。

（三）本罪与诈骗罪的区别

本罪在客观方面表现为伪造、变造股票或者公司、企业债券的行为。如果没有此种伪造、变造行为，而是直接将假的或失效的甚或其他票证用之去骗取财物，则应以诈骗罪定性，而不是构成本罪。如果伪造、变造股票或公司、企业债券后又用之骗取钱财的，则属牵连行为，根据牵连犯择一重罪处罚的原则应选择一重罪定罪科刑。

公司若是想要发行股票、债券，那么是需要先获得相应的许可的，公民在购买股票或者是债券之前，可以先判断一下售卖者是否有发行股票、债券的权限，也需要确定一下股票、债券是否是真实有效的，若是怀疑股票或者债券是被变造的，那么可以选择不购买。

《刑法》第一百七十八条

伪造、变造股票或者公司、企业债券，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处一万元以上十万元以下罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处二万元以上二十万元以下罚金。

单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前两款的规定处罚。