公司进行清算的程序主要有：

1、成立清算组，清算财产；

2、制定清算方案，清偿各项税费；

3、清算结束后，制定清算报告；

4、向公司登记机关申请公司的注销登记并公告。

《中华人民共和国公司法》第一百八十六条规定，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

第一百八十八条规定，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

一、公司亏损能注销不！

可以。注销公司依法依照如下步骤组织清算后，方能办理注销登记，公告终止公司。一、依法成立清算组。二、公告并通知债权人申报债权，依法对债权进行登记。三、清算组接管公司，展开清算工作。四、清算组全面清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。五、清算组制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。六、根据股东会、股东大会或者人民法院确认的清算方案分配公司财产。七、制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认后，申请注销公司登记，公告公司终止。

二、公司清算后发现的债务如何处置

公司清算完成后，发现有债务未清偿的，应该清算债务，债务清偿完毕，有剩余财产的，分配给股东，清算结束后，办理注销登记。

《中华人民共和国公司法》

第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

第一百八十八条【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。