1、工程质量高于合同效力。

解决施工合同纠纷首要问题是审查合同效力，合同有效与否将产生不同法律后果。有效合同产生缔约人所预期的法律后果，而无效合同则产生法定后果，包括返还财产、折价补偿和赔偿损失等。《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》（以下简称解释）贯穿了尽量使合同有效原则，大大缩小了无效合同的范围。无效合同包括《解释》第1、4条规定的五种无效情形和其他规定的合同无效情形。《解释》第2条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”该处理方式体现建设工程质量标准高于合同效力的原则，确立了工程合格是支付工程款的必要条件。因为建筑立法旨在维护建筑市场秩序和保证建筑工程质量，合同无效但完成的建设工程合格吻合建筑立法目的，承包人付出的人力物力应当得到回报。同时，如果发包人无偿接受合格工程不支付价款亦违反公平原则，故承包人要求支付工程款的，应当支持。根据《解释》第3条：合格工程包括竣工验收合格工程和竣工验收不合格，但是经过承包人修复后验收合格工程。对竣工验收不合格经过修复仍然验收不合格的建设工程，严重背离发包人的缔约目的，对其毫无利用价值，让其接受并且支付工程款违背公平原则，故《解释》第3条规定：“承包人请求支付工程款的，不予支持。”

根据《解释》第3条确立的工程质量标准高于合同效力原则，可以确立以下规则：无论合同是否有效，工程质量合格的，发包人应当支付工程款;经修复仍然验收不合格的，发包人可以不支付工程款。据此，《解释》第10条规定：“建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款;已经完成的建设工程质量不合格的，参照本解释第3条规定处理”;第16条第3款规定：“建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第3条规定处理。”

2、黑白合同，以白合同作为结算依据。

招标人和中标人按照招投标文件和中标通知书订立并且经过备案的合同称为“白合同”。但在中标前后，双方另行签订一份或数份与备案合同实质内容(包括价款、质量和工期)不一致的合同，即“黑合同”。施工中，黑合同得以履行，白合同束之高阁。在结算纠纷案件中，一方主张按照“黑合同”结算，对方则主张按照“白合同”结算。《解释》第21条规定应当以“白合同”为准：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”因为《招标投标法》46明确规定：“招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”“黑合同”实质内容背离白合同并且未进行备案，违背了《招标投标法》的强制性规定，不产生变更“白合同”的法律效力。但是在施工合同履行过程中，经常发生合同变更的情况，这就涉及到黑白合同与合同变更的界限问题。为避免黑白合同，当事人变更合同价款、质量和工期等实质内容时，要及时到招标投标办公室办理备案手续，以免发生争议。