商业用地能分开办理房产证，流程如下：

1、准备申请资料。登记申请书、申请人身份证明、房屋所有权证书或者房地产权证书、证明发生变更事实的材料、其他必要材料。

2、进行申请登记。到当地的土地证部门申请房产证分割就可以了，但是去办理商业用房产证之前，先把开发商的房产证的复印件加盖公章，附上出售文件到当地的土地部门办理商业用证明。一般需要15个工作日，但是不同的地方，商业用证办理分割的办事效率也是不一样。

3、笔录登记。同一权利人的多个商业用途的房地产，属于房地产证的合并或分割，应经过重新测量并办理变更登记手续；如属多个权利人的商业用途房地产，将分散业权合起来重新划分实际上是重新转让，应当办理转移登记。

4、领取新的房产证。等手续后拿到新的房产证，上面会记载相关人员各自拥有的房产比例。

一、签订门面房合同注意事项有哪些？

1、在合约之中应当详细记载出门面房的各种情况，如果是尚在建设的情况，那也要事先做好约定，若实际与合约中有出入，那就可以提出赔偿。另外，还需要约定交房的时间，如果尚在建设的情况，那也要事先提出一个期限，这样做的目的就是为了防止到了期限日时还没有做完导致逾期，从而影响到自身的利益，这时就可以提出赔偿。

2、由于门面房与普通居住房不一样，再加上营业模式各不相同，这就导致对物业的要求比较高，那么就要慎重签订与物业的合约。在合约中，对相邻权、交房的条件都应有详细的条例，因为这两点都会影响到店铺的营业。

3、因为门面房的特殊性，需要注意的地方还真是不少，这就要求大家在选择的时候要多方面考察，并了解实际地理位置，慎重签订合约。

二、商业产权怎么分割呢？

1、首先由房地产开发公司到国土资源局申请办理《分割转让证书》，申请时需提供以下资料：

（1）分割登记申请书。

（2）申请人身份证明：企业法人资格证明（营业执照或法人代码证复印件）、企业法人代表身份证明书、土地登记委托书等。

（3）《国有土地使用证》。

（4）建设工程规划验收合格证复印件（原件审核）。

2、用户到房地产开发公司领取《分割转让证书》，并与开发公司签定《国有土地使用权转让合同》，然后持以下材料到政务服务核心国土资源局窗口申报办理《国有土地使用证》。

（1）《分割转让证书》。

（2）《国有土地使用权转让合同》。

（3）个人身份证复印件。

（4）购房合同。

（5）契税完税票据复印件。