对于企业在改组改制过程中发生资产评估增值的税务处理，现行企业所得税政策规定具有一定的可选择性，企业可根据自身情况，选择不同的税务处理方式

案例A公司吸收合并B公司。A公司合并前净资产的公允价值为1亿元。B公司净资产账面价值为-1000万元，评估价值为200万元(增值部分主要为房地产)，合并前有尚未弥补的亏损1500万元(未超过税法规定的5年弥补期限)。企业合并过程中的非股权支付额为零，预计合并后A公司每年应纳税所得额约为1000万元。

《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》规定：1、企业合并，通常情况下，被合并企业应视为按公允价值转让，处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。被合并企业以前年度的亏损，不得结转到合并企业弥补。合并企业接受被合并企业的有关资产，计税时可以按经评估确认的价值确定成本。

2、合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金，有价证券和其他资产(即非股权支付额)，不高于所支付的股权票面价值(或支付的股本的账面价值)20%的，经税务机关审核确认，当事各方可选择按下列规定进行所得税处理：被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并企业以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补，合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。

方案根据相关文件规定，A公司吸收合并B公司有两种税务处理方案：方案一：免税合并。因为本例中非股权支付比例为零(低于20%)，所以B公司可不确认资产的转让所得，其亏损可由合并后的A公司继续用以后年度实现的与B公司净资产相关的所得弥补，A公司接受B公司全部资产的计税成本，须以B公司原账面净值为基础确定。

方案二：应税合并。当非股权支付比例低于20%时，相关文件规定为可选择免税合并，因此，A公司和B公司有权选择按上述第1项规定进行税务处理(即选择应税合并)。B公司可视为按公允价值转让，处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税，B公司以前年度的亏损，不得结转到合并后的A公司弥补，A公司接受B公司的有关资产，计税时可以按经评估确认的价值确定成本。

比较1、方案一B公司不确认资产转让所得，不缴纳企业所得税。方案二B公司须确认资产转让所得1200万元[200-(-1000)]，但确认的资产转让所得可全部用于弥补以前年度亏损(1200<1500)，不需要负担企业所得税。

2、方案一B公司亏损可结转到合并后的A公司进行弥补，但B公司净资产的公允价值仅占合并后A公司净资产公允价值的2%[200÷(10000+200)×100%]，合并后每年大约只能弥补亏损20万元(1000×2%)，考虑税前弥补亏损年限，合并前B公司的1500万元亏损，合并后大约只能在税前弥补100万元。方案二B公司亏损不得结转到A公司弥补。

3、方案一A公司接受B公司的有关资产只能按B公司的原账面净值提取折旧(或摊销，下同)在税前扣除。方案二A公司接受B公司的有关资产可按评估价值提取折旧在税前扣除。

由此可见，在本例中，无论采取哪种合并方案，B公司均不需要负担企业所得税。方案一的优势在于，合并后A公司可在税前弥补B公司亏损约100万元。方案二的优势在于，合并后A公司可在税前多列支折旧1200万元，可见，方案二显然优于方案一。